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标题: 请问聚合物和碳纳米管复合物的分子动力学模拟使用什么软件和力场建模比较好呢？ [打印本页]

作者
Author: 李小泽 时间: 2024-6-2 16:53
标题: 请问聚合物和碳纳米管复合物的分子动力学模拟使用什么软件和力场建模比较好呢？
请问聚合物和碳纳米管复合物的分子动力学模拟使用什么软件和力场建模比较好呢？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-2 19:30
GROMACS， GAFF力场
建模和力场是两码事

作者
Author: 李小泽 时间: 2024-6-6 22:07

sobereva 发表于 2024-6-2 19:30
GROMACS， GAFF力场
建模和力场是两码事

好的，非常感谢sob大佬。我是小白一个

，还想问一下碳纳米管的拓扑文件可以直接生成，聚合物的拓扑文件是需要什么软件来构建吗？

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-6-6 22:34

李小泽发表于 2024-6-6 22:07
好的，非常感谢sob大佬。我是小白一个，还想问一下碳纳米管的拓扑文件可以直接生成，聚合物的拓扑文 ...

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-7 00:04

李小泽发表于 2024-6-6 22:07
好的，非常感谢sob大佬。我是小白一个，还想问一下碳纳米管的拓扑文件可以直接生成，聚合物的拓扑文 ...

sobtop就能构建，看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的专门的聚合物的例子和讨论

作者
Author: 李小泽 时间: 2024-6-7 14:39

sobereva 发表于 2024-6-7 00:04
sobtop就能构建，看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的专门的聚合物的例子和讨论

好的，谢谢sob大佬，我去学习一下

作者
Author: NGC626 时间: 2024-9-29 14:19

sobereva 发表于 2024-6-2 19:30
GROMACS， GAFF力场
建模和力场是两码事

sob老师好，请问该力场相对于其他力场模拟碳纳米管和聚合物相互作用的优势是什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-30 01:30

NGC626 发表于 2024-9-29 14:19
sob老师好，请问该力场相对于其他力场模拟碳纳米管和聚合物相互作用的优势是什么呢？

GAFF不是唯一选择，但也没有其它专门面向纳米管和聚合物的力场（和GAFF同档次且GROMACS能用的范畴里）。因此没理由不优先考虑流行度极高的GAFF，何况还能通过sobtop便利地创建基于GAFF的拓扑文件

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