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标题: 关于拓扑文件中电荷qtot与charge的问题 [打印本页]

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Author: YuniJ 时间: 2024-6-2 22:25
标题: 关于拓扑文件中电荷qtot与charge的问题
本帖最后由 YuniJ 于 2024-6-2 22:27 编辑

   前提：使用mcpb.py参数化了金属蛋白（两个ZN,mol2文件中ZN带2个正电荷）
   问题：转成gromacs格式后，top文件中关于ZN的qtot是2.450，charge为0，这是为什么呢？以下是top文件的一部分信息
      5087 M1 332 ZN1 ZN 5087    0.000000    65.40000 ; qtot 2.450
      5088 M2 333 ZN2 ZN 5088    0.000000    65.40000 ; qtot 2.450
      5089 c 334 FT1    C 5089    0.000000    12.01000 ; qtot 2.450
      5090 Y4 334 FT1 O1 5090    0.000000    16.00000 ; qtot 2.450
      5091 Y8 334 FT1 O2 5091    0.000000    16.00000 ; qtot 2.450

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-6-2 22:37
很明显是这部分的原子电荷都没有定义上
qtot指的是top文件到此为止的总电荷，贴出的这部分原子电荷都为0，所以qtot一直保持不变
我个人没有用过mcpb.py，所以也不清楚具体的操作，但是从原子电荷的方向出发考虑一下吧

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-6-3 14:50

Seyilaxa 发表于 2024-6-2 22:37
很明显是这部分的原子电荷都没有定义上
qtot指的是top文件到此为止的总电荷，贴出的这部分原子电荷都为0， ...

好的，谢谢您！我去检查一下是否高斯优化部分出了问题，因为使用mcpb的过程中需要高斯优化，请问会和高斯优化有关系吗？

作者
Author: dayu8278 时间: 2024-6-3 15:35
你看看在atomtype字段是否已经定义了电荷？gmx中原子电荷只在一处定义

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-6-4 15:54

dayu8278 发表于 2024-6-3 15:35
你看看在atomtype字段是否已经定义了电荷？gmx中原子电荷只在一处定义

你好，我刚才看了一下atomtype的charge都是0，我是把amber格式的拓扑转成了gromacs，这一块我没太理解为什么charge都是0

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