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标题: 求助使用bash文件批量生成ndx文件时无法识别gro文件 [打印本页]

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Author: shiguang123 时间: 2024-6-2 22:44
标题: 求助使用bash文件批量生成ndx文件时无法识别gro文件
根据教程来计算特定范围内的溶剂分子形成的氢键数目 GROMACS分析教程：氢键分析|Jerkwin
使用该命令对每一帧轨迹进行分析
gmxtrjconv -s prod.tpr -f prod-200Frames-mol-UC.xtc -b198000 -o traj.gro -sep -exec "bash hb.bsh"
文件夹下生成[size=14.6667px]traj0.gro [size=14.6667px]traj1.gro等文件
[size=14.6667px]hb.bsh文件内容如下
[size=14.6667px]

[size=14.6667px]

i=$1
file=traj$i

gmx select -f $file.gro -s prod.tpr  -select  ' Wat = resname SOL and same residue as within 1 of residue 6; "Wat" Wat '  -os $file.xvg -on $file.ndx

gmx执行hb.bsh文件时出现下面的错误

Error in user input:
Invalid command-line options
  In command-line option -f
.gro' does not exist or is not accessible.
The file could not be opened.
   Reason: No such file or directory
   (call to fopen() returned error code 2)

显示找不到traj0.gro traj1.gro等文件，文件夹中明明存在traj0.gro traj1.gro文件
如果直接在命令窗口输入

gmx select -f traj0.gro -s prod.tpr  -select  ' Wat = resname SOL and same residue as within 1 of residue 6; "Wat" Wat '  -os traj0.xvg -on traj0.ndx

是可以成功运行的。

修改hb.bsh文件内容为

gmx select -f traj0.gro -s prod.tpr  -select  ' Wat = resname SOL and same residue as within 1 of residue 6; "Wat" Wat '  -os traj0.xvg -on traj0.ndx
可以生成traj0.xvg，但是生成了traj0.ndx.ndx错误文件含有两个.ndx，并且无法下载和打开该文件，修改后缀为1个.ndx也不可以。
想请教一下大家是什么原因

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