计算化学公社
标题:
蛋白质如何以特定的朝向与构建的固体表面相隔一定的距离
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作者Author:
雨中宇
时间:
2024-6-3 11:28
标题:
蛋白质如何以特定的朝向与构建的固体表面相隔一定的距离
请问一下,我想将蛋白质和我构建的分子层间隔一定的距离,该怎么设置呢,不太懂纯小白一个,我最开始学了一下Packmol
程序一直报错说施加的限制不对
tolerance 2.0
filetype pdb
output Cellulose-3D30.pdb
add_box_sides
structure crystal.pdb
number 1
center
fixed 0.0.0.0.0.0
inside box -25.-25.-150.25.25.150
end structure
structure 3D30.pdb
number 1
overplane 1 0 0 35
end structure
我有一个疑问,在看教程的时候碳纳米管在加水的时候设置的盒子,如果只是单纯的想把蛋白质和片面结构间隔一定距离,盒子应该怎么加,我也用vmd平移过两个分子,改变了两者之间的位置,但该怎么使其平齐并间隔特定的距离呢
作者Author:
sobereva
时间:
2024-6-3 19:01
用fixed直接指定好蛋白质出现的位置就完了,并且要求朝向不随意旋转
VMD里手动挪动蛋白,或者借助VMD的几何操作命令调整蛋白质的位置也可以
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