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标题: 求助帖：molclus使用gromacs无法产生tpr脚本 [打印本页]

作者
Author: 小林 时间: 2024-6-3 11:59
标题: 求助帖：molclus使用gromacs无法产生tpr脚本
向各位大神请教，课题组没有使用gromacs,独自摸索，可能犯了一些基本错误，请大家指正。
配置是安装了gromacs2019配置在了vmware centos7.6虚拟机下使用，gromacs2019测试能完成水中的溶菌酶的模拟（包括nvt，npt以及最后的md模拟）
是参照了sob老师的《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》3.1和3.2 http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html，输入文件是用了4个见fig1，除了_run.bsh文件均能在该网页内下载
为了简化，我将sob老师帖子里的写到了_run.bsh里面，在cnetos中bash _run.bsh运行，_run.bsh在fig2
能正常的产生盒子，把4个水加入进去
到gmx grompp -f md.mdp -c H2O_box2.gro -p system.top -o md1.tpr gromacs用md.mdp作为输入产生tpr脚本时候就报错了
报错内容见fig 3
向大家请教
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-3 19:07
我都看不懂你要干嘛
如果就是要对水的四聚体做构型搜索，根本不需要gromacs跑动力学，直接用下文的genmer+molclus的做法就完了，省事百倍
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

作者
Author: 小林 时间: 2024-6-3 20:19

sobereva 发表于 2024-6-3 19:07
我都看不懂你要干嘛
如果就是要对水的四聚体做构型搜索，根本不需要gromacs跑动力学，直接用下文的genmer+ ...

感谢sob老师指教，已经换着用genmer学习了，安装了gromacs发现跟着上面帖子，报了错，解决不了挺郁闷的，单纯想克服过去

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