计算化学公社

标题: 计算二十二烷及更大分子的固液相变焓值的问题 [打印本页]

作者
Author: magos 时间: 2024-6-3 15:29
标题: 计算二十二烷及更大分子的固液相变焓值的问题
前言：各位大佬好，作为一个计算新手，本人想要探索利用模拟方式先计算二十二烷及更大分子的固液相变焓值，在使用前确定其是否有使用价值。
现状：通过学习论坛教程，简单使用Gaussian的opt+frq功能，以DFT B3LYP 6-31‘优化二十二烷单分子后，后参照sobereva老师的教程，使用shermo带入其log文件计算
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问题：请问各位大佬，对于这种同分子的固液相变焓，若是我只是想参考其结果，以DSC测试验证结果的话，是必须采用H（AA）-2H(A)的计算方式，还是单分子下的Sum of electronic energy and thermal correction to H即可？前者计算已经尝试数次，但是尝试计算结果或是不太理想，或是在个人笔记本计算时间太长难以计算出结果，希望大佬能指条明路。
问题可能有点白痴，还望各位大佬不吝赐教

作者
Author: Strange 时间: 2024-6-3 15:59
用gaussian算不出固液相变焓吧……

作者
Author: magos 时间: 2024-6-3 16:07

Strange 发表于 2024-6-3 15:59
用gaussian算不出固液相变焓吧……

我是参考了sob大佬的教程用gaussian优化分子结构，然后用大佬的shermo计算焓值的

作者
Author: Strange 时间: 2024-6-3 16:57

magos 发表于 2024-6-3 16:07
我是参考了sob大佬的教程用gaussian优化分子结构，然后用大佬的shermo计算焓值的

那个焓和固液相变焓完全不是一回事

作者
Author: magos 时间: 2024-6-3 18:13

Strange 发表于 2024-6-3 16:57
那个焓和固液相变焓完全不是一回事

那该怎么计算？求大佬指路

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-3 18:42
Shermo是基于理想气体模型算的热力学量，没法描述物质凝聚相状态的属性
当前情况是gromacs做动力学模拟研究的问题

作者
Author: magos 时间: 2024-6-3 19:57

sobereva 发表于 2024-6-3 18:42
Shermo是基于理想气体模型算的热力学量，没法描述物质凝聚相状态的属性
当前情况是gromacs做动力学模拟研 ...

感谢sob老师回答！那请问一下gromacs简单计算是否需要服务器？因为我们组之前不做计算，这方面没有条件，我可能需要找别人帮忙

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-3 23:45

magos 发表于 2024-6-3 19:57
感谢sob老师回答！那请问一下gromacs简单计算是否需要服务器？因为我们组之前不做计算，这方面没有条件， ...

GPU足够好就可以，不需要双路服务器
看下面的GPU加速机子的配置
http://sobereva.com/444

作者
Author: magos 时间: 2024-6-4 09:42

sobereva 发表于 2024-6-3 23:45
GPU足够好就可以，不需要双路服务器
看下面的GPU加速机子的配置
http://sobereva.com/444

好的，感谢SOB老师赐教！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-6-4 16:20
直链烷烃的相变焓估计和烷烃链长度成线性关系。把较短烷烃的相变焓实验值对碳原子数作图，线性外推到二十二烷即可，可能比计算二十二烷还要准

作者
Author: magos 时间: 2024-6-4 17:36

sobereva 发表于 2024-6-3 23:45
GPU足够好就可以，不需要双路服务器
看下面的GPU加速机子的配置
http://sobereva.com/444

老师您好，我学习了您gromacs的贴子，以单分子走完教程后，试着gmx energy -f XX.edr命令计算能量时，但是并没有enthalpy选项？请问这是单分子就会这样还是我命令错误？麻烦您不吝赐教

作者
Author: magos 时间: 2024-6-4 17:38

wzkchem5 发表于 2024-6-4 16:20
直链烷烃的相变焓估计和烷烃链长度成线性关系。把较短烷烃的相变焓实验值对碳原子数作图，线性外推到二十二 ...

主要是大分子链越长焓越不规律，我导怀疑是大分子弯曲和折叠导致的问题，我用gaussian也是出于这个目的

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-5 03:08

magos 发表于 2024-6-4 17:36
老师您好，我学习了您gromacs的贴子，以单分子走完教程后，试着gmx energy -f XX.edr命令计算能量时，但 ...

确保用了控压

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