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标题: MD模拟后，如何计算多聚体的MMPBSA? [打印本页]

作者
Author: clock1993 时间: 2024-6-3 16:10
标题: MD模拟后，如何计算多聚体的MMPBSA?
各位老师好，最近在使用GROMACS时遇到了一个问题，我这里对一个包含二聚蛋白与两个小分子配体的体系进行了500ns的模拟，现在想要计算配体受体间的结合自由能，请问可以用MMPBSA的方法进行计算吗？如果可以，在计算时是选择把两条蛋白链分为一组，两个小分子分为一组直接计算整体结合自由能；还是分成四组，单独计算每条蛋白单链与每个小分子的结合自由能？直觉上，直接计算的话小分子那一组的构象熵会非常大，引起结果偏差，而单独算的话有四个数值，该以哪个为准呢？有什么文献或书籍讨论过这一内容吗？谢谢老师指导！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-3 18:38
如果两个小分子紧挨着，直接计算。否则分别计算二聚体与配体1，以及二聚体与配体2的结合自由能

作者
Author: clock1993 时间: 2024-6-4 09:54

sobereva 发表于 2024-6-3 18:38
如果两个小分子紧挨着，直接计算。否则分别计算二聚体与配体1，以及二聚体与配体2的结合自由能

好的，谢谢老师指导。

作者
Author: clock1993 时间: 2024-6-4 14:17

sobereva 发表于 2024-6-3 18:38
如果两个小分子紧挨着，直接计算。否则分别计算二聚体与配体1，以及二聚体与配体2的结合自由能

老师，分别计算之后如果两个配体的结合能有差别的话，是取平均值吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-5 03:15

clock1993 发表于 2024-6-4 14:17
老师，分别计算之后如果两个配体的结合能有差别的话，是取平均值吗？

看具体情况
如果配体不一样，或者需要区分蛋白质不同位点结合能力，那取平均值就没意义

作者
Author: clock1993 时间: 2024-6-5 11:26

sobereva 发表于 2024-6-5 03:15
看具体情况
如果配体不一样，或者需要区分蛋白质不同位点结合能力，那取平均值就没意义

好的，谢谢老师。

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