计算化学公社

标题: 将cif文件保存为mol2后,mol2中键连信息错误 [打印本页]

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lucky1999    时间: 2024-6-3 18:48
标题: 将cif文件保存为mol2后,mol2中键连信息错误
各位老师,我是GaussView小白,目前想利用GaussView将cif转换为mol2后传入Sobtop中获得用于gmx模拟的相关文件。我仿照http://sobereva.com/soft/Sobtop/中“例10:产生金属有机框架化合物MOF-5的拓扑文件”将MOF-5.cif(来自于Sobtop软件中的examples)使用GaussView打开后,再保存为mol2。但是我得到的mol2文件中“@<TRIPOS>BOND”字段与Sobtop软件中的examples/MOF-5.mol2不一致(如下图所示)。
请问我是哪儿操作错了吗?
我的操作是:将MOF-5.cif用GaussView打开后File-Save-文件类型选择为mol2。
附件中为MOF-5.cif,我得到的MOF-5.mol2文件和examples/MOF-5.mol2。谢谢各位老师的解答。

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sobereva    时间: 2024-6-3 19:09
你用的GaussView 5.0.8太老了,换成gview 6
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lucky1999    时间: 2024-6-3 19:12
sobereva 发表于 2024-6-3 19:09
你用的GaussView 5.0.8太老了,换成gview 6

好的,谢谢sob老师的解答!




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