计算化学公社

标题: 求一个可正常使用GPU加速的算例用于测试 [打印本页]

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-6-4 09:26
标题: 求一个可正常使用GPU加速的算例用于测试
求助gromacs使用gpu加速时提示gpu未连接
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 1&fromuid=55969
(出处: 计算化学公社)

如上篇帖子所示，向超算工程师反应多次后并为得到解决，对方表示其他人均可正常使用，觉得是我本身算例存在问题，且对方表示自己没有标准算例进行测试，所以想寻求一个确认能够进行GPU加速的算例用于测试

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-4 12:42
自己建个水盒子的例子就完了，GPU加速的输入文件没有任何特殊性（只要避免用一些GPU版不支持的特性就完了，诸如能量组）

作者
Author: snljty2 时间: 2024-6-4 16:53
比如这个文件
benchMEM.zip
来自这个网站
A free GROMACS benchmark set
用搜索引擎搜gromacs free benchmark就能搜到，很多人用过这个例子做性能测试
至于你那个问题，大概要么是显卡驱动/CUDA/Gromacs没装好，要么有些环境变量设的不对，屏蔽了能用的GPU。

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-6-5 09:09

sobereva 发表于 2024-6-4 12:42
自己建个水盒子的例子就完了，GPU加速的输入文件没有任何特殊性（只要避免用一些GPU版不支持的特性就完了， ...

谢谢老师

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-6-5 09:09

snljty2 发表于 2024-6-4 16:53
比如这个文件
benchMEM.zip
来自这个网站

好的谢谢，我去看看

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)