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标题: 计算RESP2（0.5）电荷及sobtop生成配体拓扑的问题 [打印本页]

作者
Author: 葱葱cong 时间: 2024-6-4 10:49
标题: 计算RESP2（0.5）电荷及sobtop生成配体拓扑的问题
各位老师好，新人想请教一下思路，最近在做蛋白小分子复合物的分子动力学模拟，将schrodinger生成的对接结果中的配体，先用Gaussian16进行了几何优化和单点能计算，然后用Multiwfn算的RESP2（0.5）电荷，然后丢给sobtop生成的配体拓扑文件。这里我有一处疑问，在sobtop生成配体拓扑文件时，这个配体小分子的.mol2文件需要使用Gaussian16几何优化最后达到SCF收敛时的构型，转为mol2文件再导入sobtop吗？还是直接使用原来对接结果的配体mol2文件生成拓扑文件即可？

作者
Author: ChemG 时间: 2024-6-4 12:52
肯定是优化后的，因为RESP2（0.5）电荷是算的优化后的结构。优化后结构保存为mol2文件提交到sobtop就行。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-4 12:54
如果你让sobtop基于GAFF力场指认原子类型和力场参数，只依赖于mol2里记录的连接关系，不依赖于具体三维坐标，所以不需要考虑这个。

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