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标题: 求助，请教如何绘制VMD的轨迹时间刻度，外加金属原子是否固定的问题? [打印本页]

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2024-6-5 05:57
标题: 求助，请教如何绘制VMD的轨迹时间刻度，外加金属原子是否固定的问题?
大家好。我打算按照这篇文章Compression of Organic Molecules Coupled with Hydrogen BondingExtends the Charge Carrier Lifetime in BA2SnI4的图片画一个轨迹的时间刻度表。
如下图所示，
(, 下载次数 Times of downloads: 15)
问题1.请问大家，这个轨迹的时间刻度表可以由VMD直接生成吗？

问题2.在我自己的计算中（Na原子在孤立体系C60里的运动轨迹)。
第一步为红色的Na原子的time step轨迹帧数，
(, 下载次数 Times of downloads: 9)
最后一步为蓝色的Na原子的time step轨迹帧数，
(, 下载次数 Times of downloads: 17) ，
结合所有帧数是这样的。
(, 下载次数 Times of downloads: 12)
请问大家，可以把第一步的time step帧数的Na原子的颜色变成蓝色，最后一步的time step帧数的Na原子的颜色变成红色吗（像上面的文章那样设计）？

问题3.通过问题2中结合所有帧数的图片，我发现Na原子在C60里面的运动轨迹是无序性的。
但是发现了这篇文章Ultrafast transfer and transient entrapment of photoexcited Mg electron in Mg@C60的内容，感觉Mg原子在MD的计算中，保持固定的位置。
如下图所示，
(, 下载次数 Times of downloads: 15)
请问大家觉得这篇文章中，Mg原子在MD的计算中是一直处于固定的中心位置吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-5 12:52
色彩刻度条自行ps

graphics - color - color scale里自己改

模拟的时间尺度、体系都不一样

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2024-6-5 13:24

sobereva 发表于 2024-6-5 12:52
色彩刻度条自行ps

graphics - color - color scale里自己改

谢谢卢老师！

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