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标题: VMD观看轨迹胡乱成键问题 [打印本页]

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-6-5 09:53
标题: VMD观看轨迹胡乱成键问题
在用vmd观看轨迹文件时发现蛋白有一些成键问题
(, 下载次数 Times of downloads: 13)
在使用了动态成键以及改写成键关系（mol bondsrecalc all; topo retypebond），也并未解决该问题
(, 下载次数 Times of downloads: 16)
我查看了一下，左上和右下是同一个氨基酸。
是盒子的周期性问题导致的该状况出现的嘛
当时我设置的盒子是-d 0.8立方体盒子
(, 下载次数 Times of downloads: 17)
这是mdp文件。
请问社长这种情况怎么解决。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-5 12:53
老生常谈的问题，trjconv结合-pbc mol处理轨迹保持分子完整性

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-6-6 08:53

sobereva 发表于 2024-6-5 12:53
老生常谈的问题，trjconv结合-pbc mol处理轨迹保持分子完整性

感谢老师，已解决

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