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标题: Linux服务器使用支持CUDA加速的gmx2023.5模拟50ns蛋白-配体复合物体系速度较差 [打印本页]

作者
Author: 12313 时间: 2024-6-5 12:10
标题: Linux服务器使用支持CUDA加速的gmx2023.5模拟50ns蛋白-配体复合物体系速度较差
本帖最后由 12313 于 2024-6-5 12:15 编辑

各位老师好，之前我在Linux服务器中安装了支持CUDA加速的gromacs2023.5版本，使用的CPU指令集为AVX_512，对蛋白-配体复合物在水中进行50ns模拟，但是使用gmx mdrun 运行tpr文件时感觉计算速度不是很理想，终端提示大约6天才能计算结束，不知道这个计算速度是否正常，想问一下各位老师该如何解决？
1.下面是我的服务器配置信息
CPU型号：Intel(R)  Xeon(R)  Gold  6226R  CPU @ 2.90GHz
CPU总核数：32
GPU型号：NVIDIA  Quadro  P400
2.下面是gromacs的相关信息
Gromacs版本:  2023.5
CUDA 版本:  11.4
SIMD指令集:  AVX_512
运行gmx mdrun时gmx的CPU占用率：1636%
体系及大小：蛋白大分子受体-配体复合物在水中的变化总原子数:  101628
运行步数：25000000
运行步长：2fs

下图是输入gmx mdrun命令后终端提示的运行结束时间
(, 下载次数 Times of downloads: 24)

下图是输入gmx -version 后的信息
(, 下载次数 Times of downloads: 22)
下面是我的参数文件及运行文件
(, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-5 12:56
GPU忒烂
别试图拿亮机卡做GPU加速

这年头最起码弄个RTX 4070再说GPU加速的事

作者
Author: Dempey 时间: 2024-6-5 13:01
应该是你的P400不太行
我在AMD EPYC 7542/4060Ti上运行你的文件只需要6个小时左右，每天206ns
(, 下载次数 Times of downloads: 24)
不使用CUDA加速只用32核只需要不到2天时间，每天31ns
(, 下载次数 Times of downloads: 23)

作者
Author: 12313 时间: 2024-6-5 14:48

sobereva 发表于 2024-6-5 12:56
GPU忒烂
别试图拿亮机卡做GPU加速

好的，谢谢老师

作者
Author: 12313 时间: 2024-6-5 14:48

Dempey 发表于 2024-6-5 13:01
应该是你的P400不太行
我在AMD EPYC 7542/4060Ti上运行你的文件只需要6个小时左右，每天206ns

好的，谢谢老师

作者
Author: 12313 时间: 2024-6-5 20:15

sobereva 发表于 2024-6-5 12:56
GPU忒烂
别试图拿亮机卡做GPU加速

老师，那我就利用目前的配置条件，能否有办法使其计算速度达到它本身的最大化呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-6 00:42

12313 发表于 2024-6-5 20:15
老师，那我就利用目前的配置条件，能否有办法使其计算速度达到它本身的最大化呢？

再怎么最大化都没意义
这GPU就连鸡肋都算不上，拿这种档次的GPU加速，纯属加速个寂寞

作者
Author: 12313 时间: 2024-6-6 08:56

sobereva 发表于 2024-6-6 00:42
再怎么最大化都没意义
这GPU就连鸡肋都算不上，拿这种档次的GPU加速，纯属加速个寂寞

好的谢谢老师

作者
Author: xptracy 时间: 2024-6-13 23:40

Dempey 发表于 2024-6-5 13:01
应该是你的P400不太行
我在AMD EPYC 7542/4060Ti上运行你的文件只需要6个小时左右，每天206ns

为啥我 7950X+4090 win10 和 Ubuntu 2019.06 gpu版 9万原子100ns 都要44h

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-6-14 00:29

xptracy 发表于 2024-6-13 23:40
为啥我 7950X+4090 win10 和 Ubuntu 2019.06 gpu版 9万原子100ns 都要44h

确保任务被负载在GPU上了吗，检查一下GPU的占用率

作者
Author: Dempey 时间: 2024-6-14 08:40

xptracy 发表于 2024-6-13 23:40
为啥我 7950X+4090 win10 和 Ubuntu 2019.06 gpu版 9万原子100ns 都要44h

你看看你的mdrun输出中

1 GPU selected for this run.
Mapping of GPU IDs to the 2 GPU tasks in the 1 rank on this node:
PP:0,PME:0
PP tasks will do (non-perturbed) short-ranged interactions on the GPU
PP task will update and constrain coordinates on the GPU
PME tasks will do all aspects on the GPU

复制代码

这一部分是不是都在GPU上，
我的7542/4060Ti跑17.5万原子50ns只要14h大约83.72ns/day，另我亲测9654/4090跑181万原子100ns只要139h大约17.27ns/day

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