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标题: sobtop已正式支持GAFF2力场 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-5 17:48
标题: sobtop已正式支持GAFF2力场
老有人问怎么在sobtop里用GAFF2力场，今日我在sobtop主页（http://sobereva.com/soft/Sobtop）上更新了sobtop 1.0(dev4)，现在可以按照下面的做法使用GAFF2产生拓扑文件了。

先备份sobtop目录下的ATOMTYPE_GFF.DEF、bonded_param.dat、LJ_param.dat（比如可以建立个GAFF目录，把它们都挪进去）。然后把sobtop目录下的examples\GAFF2\子目录中的ATOMTYPE_GFF2.DEF、bonded_param.dat、LJ_param.dat都放到sobtop目录下，把ATOMTYPE_GFF2.DEF改名为ATOMTYPE_GFF.DEF。
注：这里的CORR_NAME_TYPE.DAT和ATOMTYPE_GFF2.DEF取自AmberTools 24，bonded_param.dat和LJ_param.dat里面的GAFF2的参数对应AmberTools 24带的GAFF2参数文件（gaff2.dat）。

然后在sobtop里照常指认GAFF原子类型和参数，就等价于指认GAFF2的原子类型和参数了。

由于目前GAFF2还没有正式发表，所以sobtop里用GAFF2目前需要按上面说的改一下。等以后GAFF2正式发表了，sobtop就会直接用GAFF2完全代替GAFF了。

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2024-7-19 04:15
GAFF2还没正式发表吗？也就是说GAFF2的参数还没有完全敲定吗？我在使用GAFF2模拟含磷酸根的体系时经常得到不合理的几何结构，每次都需要从GAFF1复制一些键角参数覆盖掉才能得到相对正常的结果，难道是因为GAFF2还没完全拟合好？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-23 03:34

ZetaFunction 发表于 2024-7-19 04:15
GAFF2还没正式发表吗？也就是说GAFF2的参数还没有完全敲定吗？我在使用GAFF2模拟含磷酸根的体系时经常得到 ...

没正式发表，还有不完善的地方需要补完。范德华参数应该是已经做得整体比GAFF好很多了，但成键参数，如你发现的，可能还有bug

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