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标题: 关于有机晶体建模的问题 [打印本页]

作者
Author: 1651561651 时间: 2024-6-5 19:28
标题: 关于有机晶体建模的问题
本帖最后由 1651561651 于 2024-6-5 19:28 编辑

各位大佬好，想请教一下各位有机晶体怎么建模？我上网查了CCDC晶体数据库，CCDC号为1495519，我下载了这个结构的cif文件，然后在MS里面打开之后就变成了下面这样，有两点问题：
1、硝基应该是一个双键一个单键，可是打开这个下载的文件里面全是单键

2、箭头指的地方应该只有一个硝基，这里怎么多了一个，而且靠得很近
这是否说明我下载的这个cif文件有问题？如果是，那么我要怎么自己去建这个有机晶体呢，我先是根据它的空间群以及晶格参数创建了一个盒子，然后向里面加原子，我想问的是：怎么得到对应原子的坐标，或者更标准的cif文件？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-5 21:38
cif不体现形式键级，可视化程序怎么显示成键全靠程序自己判断
参考
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）
只有mol2等格式才体现形式键级，看
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/655（http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html）

8成是原子占有度不为1。只保留一个基团然后优化

作者
Author: 1651561651 时间: 2024-6-6 10:02

sobereva 发表于 2024-6-5 21:38
cif不体现形式键级，可视化程序怎么显示成键全靠程序自己判断
参考
谈谈原子间是否成键的判断问题

谢谢sob老师，我的问题解决了。

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