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标题: 求助：gromacs如何计算相互作用能？ [打印本页]

作者
Author: 1367 时间: 2024-6-6 15:30
标题: 求助：gromacs如何计算相互作用能？
各位老师同学好，我想仿照文献尝试使用gromacs计算AB分子的相互自由能，我目前想到的方法是首先计算n个A分子体系的能量，然后计算m个B分子体系的能量，最后计算n个A+m个B体系的能量，最后得到相互作用能，不知道这样计算是否合理？或者有什么其他方法可以计算相互作用能？
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作者
Author: ys_song 时间: 2024-6-6 17:56
为什么n个A分子？1个不行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-7 00:31
先把体系交代清楚，是一个A和一个B，还是混合液体之类的情况

作者
Author: 1367 时间: 2024-6-7 09:41

sobereva 发表于 2024-6-7 00:31
先把体系交代清楚，是一个A和一个B，还是混合液体之类的情况

是混合体系，体系内有500个A和B分子，我想计算A和B分子之间的相互作用能，我应该如何做？可以通过gromacs去得到嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-8 00:22

1367 发表于 2024-6-7 09:41
是混合体系，体系内有500个A和B分子，我想计算A和B分子之间的相互作用能，我应该如何做？可以通过gromacs ...

把500个A和500个B分别定义成能量组，gmx energy从edr中提取它们的相互作用能

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