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标题: 求助低共熔溶剂构型优化的初始构型建立 [打印本页]

作者
Author: C9999 时间: 2024-6-6 15:44
标题: 求助低共熔溶剂构型优化的初始构型建立
老师好做低共熔溶剂：氯化胆碱+乙二醇与一个目标物 3个分子团簇的初始构型，看到文献上有根据表面静电势极值点，手动构建初始构型的，这样做靠谱吗？不靠谱的话这样的分子组合，能否用genmer来做初始构型检索，得到能量最低的构型，初学软件，具体应该怎么操作呢？

感谢！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-7 00:30
适合用genmer+molclus搜索团簇最稳定构型，比靠静电势摆初始结构明显更严格。静电势的考虑方式无法把分子间色散作用、极化和电荷转移作用考虑进去，很不充分。

genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

作者
Author: C9999 时间: 2024-6-18 11:09
本帖最后由 C9999 于 2024-6-18 11:16 编辑

sobereva 发表于 2024-6-7 00:30
适合用genmer+molclus搜索团簇最稳定构型，比靠静电势摆初始结构明显更严格。静电势的考虑方式无法把分子间 ...

老师好，我照着 “genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具” 做搜索时修改genmer.ini内容为：ngen= 50
ishuffle= 1
----
1
examples\y1.xyz
1
examples\chcl.xyz
得到的结果如图，是我的genmer.ini内容修改有问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-19 05:00

C9999 发表于 2024-6-18 11:09
老师好，我照着 “genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具” 做搜索时修改genmer ...

8成是路径没写对

作者
Author: C9999 时间: 2024-6-19 21:53
老师我把路径改成绝对路径，还是一样的结果 (, 下载次数 Times of downloads: 49)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-20 02:19

C9999 发表于 2024-6-19 21:53
老师我把路径改成绝对路径，还是一样的结果

把分子的xyz文件直接放在genmer的当前目录下，去掉路径里的目录部分，然后运行genmer。如果还不行，把整个genmer目录压缩后上传

如果需要我回复的话，记得每次点击我帖子下面的回复按钮，否则我大概率看不到。基本上我只看论坛首页帖子列表框

作者
Author: C9999 时间: 2024-6-20 07:44

sobereva 发表于 2024-6-20 02:19
把分子的xyz文件直接放在genmer的当前目录下，去掉路径里的目录部分，然后运行genmer。如果还不行，把整 ...

老师已上传

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-21 06:08

C9999 发表于 2024-6-20 07:44
老师已上传

ngen=后面必须有空格

作者
Author: C9999 时间: 2024-6-28 22:39

sobereva 发表于 2024-6-21 06:08
ngen=后面必须有空格

老师我用Spartan预测了一下分子的扭转键，我能参考这个用gentor做分子构象搜索吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-29 05:49

C9999 发表于 2024-6-28 22:39
老师我用Spartan预测了一下分子的扭转键，我能参考这个用gentor做分子构象搜索吗。

除了刚性的肽键外，其它图中的黄色圆柱标注的二面角应当考虑可旋转性

作者
Author: C9999 时间: 2024-7-8 17:41

sobereva 发表于 2024-6-29 05:49
除了刚性的肽键外，其它图中的黄色圆柱标注的二面角应当考虑可旋转性

老师我用Multiwfn做拓扑分析计算BCP时未找到全部BCP

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-8 18:22

C9999 发表于 2024-7-8 17:41
老师我用Multiwfn做拓扑分析计算BCP时未找到全部BCP

我不知道你怎么弄的
用当前Multiwfn最新版本，进入拓扑分析界面，依次输入2、3，就都找全了。

(, 下载次数 Times of downloads: 57)

作者
Author: C9999 时间: 2024-7-24 13:28

sobereva 发表于 2024-7-8 18:22
我不知道你怎么弄的
用当前Multiwfn最新版本，进入拓扑分析界面，依次输入2、3，就都找全了。

老师，用genmer生成构型，调用MOPAC进行半经验优化后，cl离子和氢相连接了，提交高斯后也是相连接的，再次生成构型也是如此，这种怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-25 21:53

C9999 发表于 2024-7-24 13:28
老师，用genmer生成构型，调用MOPAC进行半经验优化后，cl离子和氢相连接了，提交高斯后也是相连接的，再 ...

如果是溶剂环境，必须带上溶剂模型，极性溶剂环境会使得离子状态明显被稳定化
如果考虑溶剂模型后H照样转移，用HF成份偏高的DFT泛函优化，诸如wB97XD
并且确保净电荷设对了

作者
Author: C9999 时间: 2024-8-1 13:09

sobereva 发表于 2024-7-25 21:53
如果是溶剂环境，必须带上溶剂模型，极性溶剂环境会使得离子状态明显被稳定化
如果考虑溶剂模型后H照样 ...

老师，我已上传构型搜索步骤文件，高斯输入文件可以直接提交吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-2 03:48

C9999 发表于 2024-8-1 13:09
老师，我已上传构型搜索步骤文件，高斯输入文件可以直接提交吗？

我不知道里面各个文件对应什么
主动解释清楚

作者
Author: C9999 时间: 2024-8-3 12:21

sobereva 发表于 2024-8-2 03:48
我不知道里面各个文件对应什么
主动解释清楚

老师，文件夹里，genmer是构型搜索的三个结构，molclus是用MOPAC优化后的前10个构象，高斯是准备提交的作业，但是用高斯打开，其中cl原子和另一个分子的氢原子连在了一起

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-4 07:34

C9999 发表于 2024-8-3 12:21
老师，文件夹里，genmer是构型搜索的三个结构，molclus是用MOPAC优化后的前10个构象，高斯是准备提交的作 ...

对于液态环境，必须至少考虑隐式溶剂模型，对离子状态有极大的稳定化作用
并且注意恰当考虑模型的质子化态

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