计算化学公社

标题: CP2K限制性MD如何输出每一步的colvar呢 [打印本页]

作者
Author: Exodus 时间: 2024-6-6 20:31
标题: CP2K限制性MD如何输出每一步的colvar呢
如果使用metadynamics会输出到metadynLog中，但如果限制性MD应该如何输出呢
   &COLVAR
   &DISTANCE
      &POINT
         TYPE GEO_CENTER
         ATOMS 1 2 3 4
      &END POINT
      &POINT
         TYPE GEO_CENTER
         ATOMS 5 6 7
      &END POINT
      AXIS XYZ
      POINTS 1 2
   &END DISTANCE
   &PRINT
      &PROGRAM_RUN_INFO ON
         &EACH
         MD 1
         &END EACH
         ADD_LAST NUMERIC
         COMMON_ITERATION_LEVELS 1
         FILENAME ./${NAME}
      &END PROGRAM_RUN_INFO
   &END PRINT
   &END COLVAR

作者
Author: xjz980322 时间: 2025-9-19 14:58
请问您，该问题解决了吗，是如何解决的

作者
Author: yuzc 时间: 2025-9-29 11:27
请问cDFT能结合MD么~

作者
Author: Exodus 时间: 2025-9-29 12:13

xjz980322 发表于 2025-9-19 14:58
请问您，该问题解决了吗，是如何解决的

使用限制性分子动力学时CV随时间步长是线性变化的，变化单位为TARGET_GROWTH，所以用Excel一拉就可以了，或者plumed处理xyz轨迹也可以获得

作者
Author: Exodus 时间: 2025-9-29 12:14

yuzc 发表于 2025-9-29 11:27
请问cDFT能结合MD么~

可以，就是比一般的md稍贵一些

作者
Author: 粉川桜雪 时间: 2025-12-15 20:08

Exodus 发表于 2025-9-29 12:14
可以，就是比一般的md稍贵一些

您好，请问一下cp2k输出的shake 因子单位是什么呀，积分后得到的势能面如何转换成 kJ/mol 单位呢？

作者
Author: Exodus 时间: 2025-12-17 12:06

粉川桜雪发表于 2025-12-15 20:08
您好，请问一下cp2k输出的shake 因子单位是什么呀，积分后得到的势能面如何转换成 kJ/mol 单位呢？

Multipliers的单位是Hartree/Bohr，对CV积分时要和CV的单位匹配，然后换算就行

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