计算化学公社

标题: 带单配体计算RESP电荷问题 [打印本页]

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-6-6 23:01
标题: 带单配体计算RESP电荷问题
在模拟过程中（水溶液），想计算GPP（带三个负电）的RESP0.5电荷。已使用拓扑工具sobtop_1.0\(dev3.2\)生成GAFF力场下的top文件。
下图是化学式

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下图是3D可视化结构
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下图是我的mol2文件
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下图是我调用的RESP脚本
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最后是我生成的结果
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我看到了有三个氧变为了-0.9多
我想问一下社长这样直接定义-3，能正确模拟这个电荷嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-7 00:09
能
注意检查提示里的报错对应的ORCA输出文件

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-6-7 08:35

sobereva 发表于 2024-6-7 00:09
能
注意检查提示里的报错对应的ORCA输出文件

谢谢老师，这个是我手动终止的，已经成功跑完了。

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-6-7 19:30

sobereva 发表于 2024-6-7 00:09
能
注意检查提示里的报错对应的ORCA输出文件

老师，我突然发现，在对接之后，有几个碳碳双键我忘记更改了，单双键的改变，会导致生成sobtop生成GAFF力场的top文件的键级信息和orca计算RESP0.5电荷出现错误嘛
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-8 00:08

lxhpdx 发表于 2024-6-7 19:30
老师，我突然发现，在对接之后，有几个碳碳双键我忘记更改了，单双键的改变，会导致生成sobtop生成GAFF力 ...

不会
sobtop基于GAFF产生拓扑文件只看连接关系不看形式键级
RESP2电荷计算更和形式键级没关系了，只看坐标

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-6-8 10:51

sobereva 发表于 2024-6-8 00:08
不会
sobtop基于GAFF产生拓扑文件只看连接关系不看形式键级
RESP2电荷计算更和形式键级没关系了，只看 ...

感谢老师，我不懂其中的具体转换方式，以为需要重新做。

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