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标题: 求助虚拟筛选时，Pubchem中化合物的氢的处理 [打印本页]

作者
Author: charmm36 时间: 2024-6-7 09:32
标题: 求助虚拟筛选时，Pubchem中化合物的氢的处理
各位前辈，请教一下下面的问题，在Pubchem数据库中下载的化合物的3D结构自带氢原子，请问这些化合物的氢是生理条件下的吗？进行虚拟筛选配体处理时，要不要把氢原子删了，重新利用openbabel在pH 7.4的情况下添加氢原子？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-7 18:40
除非已知准确的pKa/pKb，否则质子化态不可能准确确定，这些数据库里的质子化态也没法保证能对应生理环境下正确或主导的质子化态。而且有的分子不同pH条件下具体的结构都不一样，更不能简单信pubchem上的结构，需要google多查查分子的相关资料。

作者
Author: charmm36 时间: 2024-6-12 17:21

sobereva 发表于 2024-6-7 18:40
除非已知准确的pKa/pKb，否则质子化态不可能准确确定，这些数据库里的质子化态也没法保证能对应生理环境下 ...

好的好的，不过google查的话，工作量有点大，因为有数千个化合物。是否用openbabel加也行？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-13 01:23

charmm36 发表于 2024-6-12 17:21
好的好的，不过google查的话，工作量有点大，因为有数千个化合物。是否用openbabel加也行？

不存在任何程序能智能地100%保证给你设置正确，天下没这样的好事

作者
Author: charmm36 时间: 2024-6-20 22:33

sobereva 发表于 2024-6-13 01:23
不存在任何程序能智能地100%保证给你设置正确，天下没这样的好事

嗯嗯，受教了

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