计算化学公社

标题: gromacs对不同pH处理进行分子动力学模拟RMSD结果差别很小 [打印本页]

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2024-6-7 12:51
标题: gromacs对不同pH处理进行分子动力学模拟RMSD结果差别很小
想问一下，我在改变质子化方式对蛋白进行pH2的动力学模拟之后，得到的RMSD结果如下图所示，与未进行pH处理的结果RMSD差别不大这是什么原因呀？
我的蛋白是乳球蛋白，只提取了一个链进行的处理。
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-7 18:43
某些局部位点的质子化态本来一般也不会明显影响骨架结构。想清楚决定骨架结构的因素是什么
另外，骨架结构明显发生改变的时间尺度往往很长，如果实验上真发现pH能影响结构，可能得跑到明显更长时间尺度

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2024-6-11 20:57

sobereva 发表于 2024-6-7 18:43
某些局部位点的质子化态本来一般也不会明显影响骨架结构。想清楚决定骨架结构的因素是什么
另外，骨架结构 ...

sob老师，想请教一下一般决定骨架结构的因素都有哪些呀？我在实验的过程中确实发现了pH会影响蛋白质的一级结构，请问200 ns不够的话，大概需要模拟多久才可以呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-12 02:52

刘梦琪发表于 2024-6-11 20:57
sob老师，想请教一下一般决定骨架结构的因素都有哪些呀？我在实验的过程中确实发现了pH会影响蛋白质的一 ...

疏水作用、范德华作用、氢键作用、二硫键、盐桥等

如果算力够，跑个1000ns，如果还是没出现结构变化的苗头，再考虑对pH效果的描述是否充分（比如考虑用常pH模拟等，或者考虑当前的模型是否过于简单）

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2024-10-9 09:17

sobereva 发表于 2024-6-12 02:52
疏水作用、范德华作用、氢键作用、二硫键、盐桥等

如果算力够，跑个1000ns，如果还是没出现结构变化的 ...

sob老师，因为我的实验部分量很大，只想用动力学做辅助解释一下。我的计算力条件达不到跑1000 ns，想请问一下老师，我该如何从质子化方法的局限性角度解释一下动力学模拟和真实试验的差别呢？

作者
Author: gxs 时间: 2024-12-13 18:25
你好，请问你是怎么改变的pH，用了什么软件

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2024-12-25 12:17

gxs 发表于 2024-12-13 18:25
你好，请问你是怎么改变的pH，用了什么软件

我用的Gromacs的-inter命令并交互式改变氨基酸残基的质子化方式

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