计算化学公社

标题: gromacs可以在将水分子放入特定坐标下吗? [打印本页]

作者
Author: samuel 时间: 2024-6-8 21:37
标题: gromacs可以在将水分子放入特定坐标下吗?
我首先用packmol创建了一个长方体盒子，想使用spc水模型在盒子的下半部分进行填充，gmx solvate 命令中 -box只能设置填充的大小想请问
1.是否有指令可以将水填充到指定的盒子区域内，具体怎么操作呢？

2.如果不可以的话，在packmol里面如何使用spc水模型进行填充？或者只是用ATB下载的水分子（water.pdb），对后续的模拟是否有影响？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-9 00:37
先用gmx solvate得到一个充满水的盒子，然后editconf扩张盒子尺寸。或者直接packmol在指定区域加水，参考下文
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

只要packmol插入的水分子里面的原子顺序和水的[moleculetype]里的[atoms]一致即可

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