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标题: 如何修改top文件和gro文件中分子的数量? [打印本页]

作者
Author: 艾尔斯灿 时间: 2024-6-9 02:45
标题: 如何修改top文件和gro文件中分子的数量?
本帖最后由艾尔斯灿于 2024-6-9 03:17 编辑

ABCDEF.top是由ABC.itp和DEF.itp文件合并的
ABCDEF.gro是由ABC.gro和DEF.gro文件合并的

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我该如何查看并修改修改其中的盒子内分子数量与盒子的相关参数?
仅用top文件和gro文件运行动力学后生成的文件中我并没有发现分子数量的位置
难道是因为我运行gmx缺少pdb文件？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-6-9 23:10
分子数量在.top文件末尾的[ molecules ]字段，各分子数量和排列顺序和.gro文件中保持一致
用editconf修改盒子形状，用insert-molecules往盒子中插入分子

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