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标题: AMD Ryzen 7950X AMD RX 7900XT 在 Debian 12 下安装 GROMACS 2024.3 [打印本页]

作者
Author: qinsc 时间: 2024-6-10 04:49
标题: AMD Ryzen 7950X AMD RX 7900XT 在 Debian 12 下安装 GROMACS 2024.3
本帖最后由 qinsc 于 2024-10-30 19:50 编辑

1. 安装spack
spack 是一个非常好用的包管理器，可参考 AMD 官方文档（Getting Started | AMD），详细可参考 spack 文档（Getting Started — Spack 0.23.0.dev0 documentation）。

安装spack依赖

apt update
apt install build-essential ca-certificates coreutils curl environment-modules gfortran git gpg lsb-release python3 python3-distutils python3-venv unzip zip

复制代码

安装spack，这里直接安装到root下

export SPACK_ROOT=/root/spack
git clone -c feature.manyFiles=true https://github.com/spack/spack.git ${SPACK_ROOT}

复制代码

将以下变量添加至 ~/.bashrc 中

export SPACK_ROOT=/root/spack
source ${SPACK_ROOT}/share/spack/setup-env.sh

复制代码

重新进入终端

让spack寻找系统默认的编译器

spack compiler find

复制代码

2. 安装 AOCC

参考 AMD Optimized C/C++ Compiler (AOCC)

spack install aocc +license-agreed

复制代码

安装完成后添加至spack的编译器中

spack load aocc
spack compiler find

复制代码

3. 安装 amdgpu-inistall

参考 Installation via AMDGPU installer — ROCm installation (Linux)

apt update

复制代码

4. 使用 amdgpu-install 安装 ROCm

在安装之前，需要安装一些依赖
ROCm依赖于 libpython3.10，Debian12 并不支持使用 apt install 命令直接安装
从Ubuntu packages 下载 Ubuntu – Details of package libpython3.10 in jammy

使用

dpkg -i <package_name>

复制代码

安装，会提醒缺少依赖，同样从Ubuntu packages下载
Ubuntu – Details of package libpython3.10-stdlib in jammy
Ubuntu – Details of package libpython3.10-minimal in jammy
Ubuntu – Details of package libmpdec3 in jammy

使用

dpkg -i <package_name>

复制代码

命令安装，安装完 libpython3.10 后

就可以安装 ROCm6.2.2了，需要Unbuntu22的源，24的源Debian缺太多依赖。参考 Installation via AMDGPU installer — ROCm installation (Linux)

这一步也可参考 Entropy.S.I 教程为某网友的AMD GPU平台编译和调优LAMMPS和GROMACS - 计算机使用与Linux交流 (Computer Usage and Linux) - 计算化学公社 (keinsci.com)

amdgpu-install --usecase=hiplibsdk,rocm
usermod -a -G render root

复制代码

之后重启

reboot

复制代码

5. 准备安装 AdaptiveCpp

参考 AdaptiveCpp/doc/installing.md at develop · AdaptiveCpp/AdaptiveCpp (github.com)，以及 AdaptiveCpp/doc/install-rocm.md at develop · AdaptiveCpp/AdaptiveCpp (github.com)，和 Entropy.S.I 教程中第4步为某网友的AMD GPU平台编译和调优LAMMPS和GROMACS - 计算机使用与Linux交流 (Computer Usage and Linux) - 计算化学公社 (keinsci.com)

由于使用ROCm-6.2.2会报错 LLVM_DIR 找不到，原因未知，因此做了调整

使用 spack 安装 hip、llvm-amdgpu 和 rocm-openmp-extras

spack install hip %aocc

复制代码

使用spack加载hip、llvm-amdgpu 和 rocm-openmp-extras

spack load hip llvm-amdgpu rocm-openmp-extras

复制代码

使用spack 安装 cmake, gmake, boost //也可以使用debian默认的包 apt install cmake, apt install gmake, apt install boost

spack install cmake %aocc
spack install gmake %aocc
spack install boost %aocc

复制代码

使用spack加载 cmake, gmake, boost

spack load cmake gmake boost

复制代码

6. 编译 AdaptiveCpp
编译前，先找到clang 、 clang++ 、 llvm 目录
在 /root/spack/opt/spack/linux-debian12-zen4/aocc-5.0.0/ 文件夹中找到 llvm-amdgpu-6.2.1-<hash> 文件夹，其中 <hash> 是spack给的编号，复制这个文件夹目录位置，注意替换以下命令中的 <hash>

git clone https://github.com/AdaptiveCpp/AdaptiveCpp
cd AdaptiveCpp
mkdir build && cd build
cmake -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/AdaptiveCpp -D CMAKE_C_COMPILER=/root/spack/opt/spack/linux-debian12-zen4/aocc-5.0.0/llvm-amdgpu-6.2.1-<hash>/bin/clang -D CMAKE_CXX_COMPILER=/root/spack/opt/spack/linux-debian12-zen4/aocc-5.0.0/llvm-amdgpu-6.2.1-<hash>/bin/clang++ -D WITH_ROCM_BACKEND=ON -D LLVM_DIR=/root/spack/opt/spack/linux-debian12-zen4/aocc-5.0.0/llvm-amdgpu-6.2.1-<hash>/lib/cmake/llvm -D WITH_SSCP_COMPILER=OFF ..
make clean
make -j<cores> install

复制代码

其中 cores代表CPU核心数，Ryzen 7950X 为 16核，因此为

make -j16 install

复制代码

至此，AdaptiveCpp 安装于 /opt/AdaptiveCpp 下
编译完成后回到主目录

cd ~

复制代码

7. 安装编译 GROMACS 2024.3

参考 Installation guide - GROMACS 2024.2 documentation

使用spack 安装 amdblis amdlibflame (blas, lapack)

spack install amdblis %aocc
spack install amdlibflame %aocc

复制代码

使用spack加载 amdblis amdlibflame

spack load amdblis amdlibflame

复制代码

注意替换<hash>，并指定rocm_path；gfx1100代表 RX 7900XT 和 RX 7900XTX

wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2024.2.tar.gz
tar -xzf gromacs-2024.3.tar.gz
cd gromacs-2024.3
mkdir build && cd build
cmake -D CMAKE_PREFIX_PATH=/opt/AdaptiveCpp -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx -D CMAKE_C_COMPILER=/root/spack/opt/spack/linux-debian12-zen4/aocc-5.0.0/llvm-amdgpu-6.2.1-<hash>/bin/clang -D CMAKE_CXX_COMPILER=/root/spack/opt/spack/linux-debian12-zen4/aocc-5.0.0/llvm-amdgpu-6.2.1-<hash>/bin/clang++ -D GMX_GPU=SYCL -D GMX_SYCL=ACPP -D ACPP_ROCM_PATH=/opt/rocm/ -D HIPSYCL_TARGETS=hip:gfx1100 -D GMX_BUILD_OWN_FFTW=ON ..

复制代码

至此，GROMACS 安装于 /opt/gmx 下
编译完成后回到主目录

cd ~

复制代码

至此，主目录中用于编译的文件夹 AdaptiveCpp 和 gromacs-2024.3 就可以删除了。

8. 运行 GROMACS

载入初始化脚本，由于使用了spack中的rocm-openmp-extras ，因此每次使用GROMACS都需要加载

source /opt/gmx/bin/GMXRC
spack load rocm-openmp-extras

复制代码

下载测试文件夹，这里使用 Entropy.S.I 的测试集：文件下载地址：https://www.aliyundrive.com/s/9eUZ19WGepx，提取码：xp66。

cd ~/md_benchmark_src/GROMACS2022.3
gmx mdrun -s STMV-GMX.tpr -resetstep 5000 -nsteps 50000 -ntmpi 1 -ntomp 16 -gpu_id 0

复制代码

输出

	Core t (s)	Core t (s)	(%)
Time:	5836.560	364.792	1600.0
	(ns/day)	(hour/ns)
Performance:	21.317	1.126

性能基本是RX 7900XTX 的 90%，RX 6900XT 的 110%，接近 RTX 3080Ti。

过程中可以使用 rocm-smi 来查看 gpu使用情况，具体参考 Using Python in ROCm SMI — ROCm SMI LIB 7.2.0 Documentation (amd.com) 中的usage

watch -n 0.1 rocm-smi -u -c -t -P

复制代码

输出

============================ ROCm System Management Interface ============================
====================================== Temperature =======================================
GPU[0] : Temperature (Sensor edge) (C): 66.0
GPU[0] : Temperature (Sensor junction) (C): 81.0
GPU[0] : Temperature (Sensor memory) (C): 84.0
GPU[1] : Temperature (Sensor edge) (C): 47.0
==========================================================================================
=============================== Current clock frequencies ================================
GPU[0] : dcefclk clock level: 0: (145Mhz)
GPU[0] : fclk clock level: 4: (2000Mhz)
GPU[0] : mclk clock level: 3: (1249Mhz)
GPU[0] : sclk clock level: 1: (2419Mhz)
GPU[0] : socclk clock level: 1: (1285Mhz)
GPU[0] : pcie clock level: 2 (16.0GT/s x16)
GPU[1] : mclk clock level: 0: (2100Mhz)
GPU[1] : sclk clock level: 1: (600Mhz)
GPU[1] : socclk clock level: 1: (1200Mhz)
==========================================================================================
=================================== Power Consumption ====================================
GPU[0] : Average Graphics Package Power (W): 281.0
GPU[1] : Current Socket Graphics Package Power (W): 29.058
==========================================================================================
=================================== % time GPU is busy ===================================
GPU[0] : GPU use (%): 100
GPU[1] : GPU use (%): 0
==========================================================================================
================================== End of ROCm SMI Log ===================================

复制代码

作者
Author: hdhxx123 时间: 2024-12-27 16:09
本帖最后由 hdhxx123 于 2025-1-14 21:18 编辑

最终还是用楼主的方法在WSL下Ubuntu22.04下安装成功了，给楼主再捉个虫：实际上只要安装gromacs之后source GMXRC，再将libomp.so的所在目录加入环境变量

export /root/spack/opt/spack/linux-debian12-<Architecture>/aocc-5.0.0/rocm-openmp-extras-<version>-<hash>/lib/

复制代码

即可，并且不限于安装所用的rocm-openmp-extras-<version>-<hash>/lib/路径下的libomp.so，将安装amd驱动后得到的

export /opt/rocm-<version>/lib/llvm/lib/

复制代码

路径加入~/.bashrc中也是可以正常运行编译好的gromacs，而不需要单独去spack load rocm-openmp-extras。说这个主要是因为在WSL如果运行

spack load rocm-openmp-extras

复制代码

就会掉驱动，因为spack中目前(2025.1.8)没有支持的Ubuntu22.04下支持WSL的ROCm6.2.3版本的库，不能正常识别显卡。

原始贴
抱歉，之前没有接触debian。我的设备是12600k，准备用7900xt，想在wsl2下先安装试试。
请问在“在安装之前，需要安装一些依赖ROCm依赖于 libpython3.10，Debian12 并不支持使用 apt install 命令直接安装“这一步时
我用了arm64、i386都无法安装，我的步骤如下：

wget https://packages.ubuntu.com/jammy/i386/libpython3.10/download/libpython3.10_3.10.12-1~22.04.7_i386.deb

复制代码

下载了deb文件后，应该怎么安装呢？
我尝试用

dpkg -i ./libpython3.10_3.10.12-1~22.04.7_i386.deb

复制代码

或者

sudo apt install ./libpython3.10_3.10.12-1~22.04.7_i386.deb

复制代码

均无法安装。

想求助一下楼主，我应该是犯了什么debian的基础性问题，但我还没有意识到。

——————————————————————————————————————————————————————————————后续————————————————————
ok,确实是有基础问题没解决：
1.是amd64不是i386
2.检查了一下，wsl自动安装的原来是debian11，所以dpkg的版本不对，不支持zstd
3.wget下载的链接不是

wget https://packages.ubuntu.com/jammy/i386/libpython3.10/download/libpython3.10_3.10.12-1~22.04.7_i386.deb

复制代码

而应该是

http://security.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/p/python3.10/libpython3.10_3.10.12-1~22.04.7_amd64.deb

复制代码

更新至debian 12后，由于用的是wsl下debian 12进行rocm的安装，应当参考此文

https://rocm.docs.amd.com/projects/radeon/en/latest/docs/install/wsl/install-radeon.html

实测以下语句可以正常安装

amdgpu-install -y --usecase=wsl,hip,opencl,rocm --no-dkms

复制代码

另，在进行spack安装cmake时

spack install cmake %aocc

复制代码

反复遇到报错

Error when bootstrapping CMake:
323 Problem while running initial CMake

复制代码

检查后发现是wsl在之前debian 11下安装的spack所带的libstdc++.so.6最新只有GLIBCXX_3.4.28，而安装cmake需要GLIBCXX_3.4.29.解决方法是重建软链接至更新后的debian 12自带的/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6于spack下文件夹，路径则需要到build log for details内找到，如图。
总结一下：wsl2下按楼主步骤进行安装需要首先将debian 11升至debian 12再进行后续操作，若进行一部分操作后再升级有可能会遇到各种版本不匹配问题。

而在楼主说的

cmake -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/AdaptiveCpp -D CMAKE_C_COMPILER=/root/spack/opt/spack/linux-debian12-zen4/aocc-5.0.0/llvm-amdgpu-6.2.1-<hash>/bin/clang -D CMAKE_CXX_COMPILER=/root/spack/opt/spack/linux-debian12-zen4/aocc-5.0.0/llvm-amdgpu-6.2.1-<hash>/bin/clang++ -D WITH_ROCM_BACKEND=ON -D LLVM_DIR=/root/spack/opt/spack/linux-debian12-zen4/aocc-5.0.0/llvm-amdgpu-6.2.1-<hash>/lib/cmake/llvm -D WITH_SSCP_COMPILER=OFF ..

复制代码

中，若你的cpu与楼主不一致，则需要找到你的

/root/spack/opt/spack/linux-debian12-<Architecture>/aocc-5.0.0/llvm-<version>-<hash>/

复制代码

路径替换CMAKE_C_COMPILER、CMAKE_CXX_COMPILER和LLVM_DIR中的

/root/spack/opt/spack/linux-debian12-zen4/aocc-5.0.0/llvm-amdgpu-6.2.1-<hash>/

复制代码

作者
Author: 洛兰希尔 时间: 2025-2-22 13:54
本帖最后由洛兰希尔于 2025-2-22 16:59 编辑

2025年2月22日尝试编译，参照楼主和楼上同学的方法已经编译成功
另外AMD似乎已经官方提供ROCm for WSL了（https://rocm.docs.amd.com/projec ... install-radeon.html），实测也可用

amdgpu-install -y --usecase=wsl,rocm --no-dkms

复制代码

注意此版本需要按官方的要求使用Ubuntu-22.04（wsl现在默认安装的已经是24.04了）

Important!
For the ROCm 6.2.3 WSL package, Ubuntu 22.04 must be installed.
For more information, refer to Windows Subsystem for Linux Documentation.

另外，AdaptiveCpp不要用git clone的方法，用Release里面的版本，否则可能有奇奇怪怪的依赖问题（直接clone是开发版）

作者
Author: Capt_Lappland 时间: 2025-3-3 03:11
研究了很久解决了，不需要再编译hip了

sudo apt install rocm-llvm-dev

复制代码

llvm文件夹就会出现
在新版本rocm中，llvm的cmake从rocm-llvm移动到rocm-llvm-dev中了

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