计算化学公社

标题: 求助，关于AIMD模拟水溶液环境建模的问题 [打印本页]

作者
Author: XIEH 时间: 2024-6-10 12:15
标题: 求助，关于AIMD模拟水溶液环境建模的问题
对含氧空位的金属氧化物表面模拟水溶液环境跑AIMD，向slab里面加水分子时产生疑惑：
① 需要把真空层都用水分子填满吗？
② 还是只要象征性地添加几个水分子然后添加感兴趣的离子就行了？
③ 这时候需要考虑相邻镜像之间的相互作用吗？
恳请大佬解答一下

作者
Author: ys_song 时间: 2024-6-10 13:41
是的，要都填满。因为AIMD所模拟的体系有压强的，一般是1 bar, 初始填满成1个大气压的密度，方便结构优化和后续的动力学模拟。
相邻镜像一般是通过周期性边界条件(PBC)相互作用，盒子不要设的太小就好了，一般1.7nm以上。

作者
Author: XIEH 时间: 2024-6-10 13:44

ys_song 发表于 2024-6-10 13:41
是的，要都填满。因为AIMD所模拟的体系有压强的，一般是1 bar, 初始填满成1个大气压的密度，方便结构优化和 ...

感谢回复

作者
Author: XIEH 时间: 2024-6-10 14:16

ys_song 发表于 2024-6-10 13:41
是的，要都填满。因为AIMD所模拟的体系有压强的，一般是1 bar, 初始填满成1个大气压的密度，方便结构优化和 ...

但是对于slab来说，17埃的盒子就已经包含了三四百个原子，再加上水分子、其他离子的话，这个计算量VASP能跑得动吗？有没有折中的办法呢？

作者
Author: ys_song 时间: 2024-6-10 14:31
也许1.5 nm也可以，甚至有些测试体系里有1.2nm的，具体你可以测试下。

作者
Author: yxzinc 时间: 2024-6-10 15:19
一般10x10埃大小的就行。真空层怎么填有两种流派，详见10.1038/s41929-022-00846-8和10.1021/jacsau.1c00108两篇的建模细节

作者
Author: XIEH 时间: 2024-6-10 17:34

yxzinc 发表于 2024-6-10 15:19
一般10x10埃大小的就行。真空层怎么填有两种流派，详见10.1038/s41929-022-00846-8和10.1021/jacsau.1c0010 ...

好的谢谢

作者
Author: chenzhe 时间: 2024-6-10 20:53

XIEH 发表于 2024-6-10 14:16
但是对于slab来说，17埃的盒子就已经包含了三四百个原子，再加上水分子、其他离子的话，这个计算量VASP能 ...

换cp2k，几百原子完全没压力

作者
Author: XIEH 时间: 2024-6-11 23:52

ys_song 发表于 2024-6-10 13:41
是的，要都填满。因为AIMD所模拟的体系有压强的，一般是1 bar, 初始填满成1个大气压的密度，方便结构优化和 ...

不好意思，前两天没注意到这个细节，建模之后要先结构优化再跑AIMD吗？

作者
Author: ys_song 时间: 2024-6-26 13:42

XIEH 发表于 2024-6-11 23:52
不好意思，前两天没注意到这个细节，建模之后要先结构优化再跑AIMD吗？

肯定是要先优化下结构的。

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