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标题: 蛋白配体复合物相关文章中gromacs计算部分中，导出的轨迹文件帧数是否有具体要求？ [打印本页]

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Author: 12313 时间: 2024-6-11 12:08
标题: 蛋白配体复合物相关文章中gromacs计算部分中，导出的轨迹文件帧数是否有具体要求？
各位老师好，我想了解一下如果是在蛋白配体复合物相关文献的gromacs计算部分，对于导出的轨迹文件的帧数是否有具体要求，因为我在很多篇文献中并没有看到有对导出轨迹文件时的帧数叙述。比如以下是我在某篇文献中看到的某蛋白配体复合物模拟100ns后的RMSD数据图，其中并没有对轨迹帧数的叙述，想在这问一下各位老师这个帧数是否有作固定要求，还是具体情况具体分析？
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-12 04:45
没有确切要求
不能太小，否则太耗硬盘，也不能太大，否则能统计的帧数太少
每1-10ps保存一帧是常见范畴

作者
Author: 12313 时间: 2024-6-12 09:09

sobereva 发表于 2024-6-12 04:45
没有确切要求
不能太小，否则太耗硬盘，也不能太大，否则能统计的帧数太少
每1-10ps保存一帧是常见范畴

老师，那修改每多长时间保存一帧，该调节哪个参数呢？

作者
Author: Dempey 时间: 2024-6-12 09:17

12313 发表于 2024-6-12 09:09
老师，那修改每多长时间保存一帧，该调节哪个参数呢？

nstxout是trr文件坐标的输出频率，nstxout-compressed是xtc文件的输出频率，这两个参数乘以dt就是输出的时间间隔

作者
Author: 12313 时间: 2024-6-12 09:47

Dempey 发表于 2024-6-12 09:17
nstxout是trr文件坐标的输出频率，nstxout-compressed是xtc文件的输出频率，这两个参数乘以dt就是输出的 ...

所以nstxout和nstxout-compressed的值必须一致，是吗老师？

作者
Author: Dempey 时间: 2024-6-12 09:51

12313 发表于 2024-6-12 09:47
所以nstxout和nstxout-compressed的值必须一致，是吗老师？

这两个参数是独立的，nstxout设置为0的话，trr文件里就不会输出坐标了，同样nstxout-compressed设置为0，那xtc文件就不会输出

作者
Author: 12313 时间: 2024-6-12 09:58

Dempey 发表于 2024-6-12 09:51
这两个参数是独立的，nstxout设置为0的话，trr文件里就不会输出坐标了，同样nstxout-compressed设置为0， ...

明白了，谢谢老师

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