计算化学公社

标题: 怎样形象的表示出隐性溶剂化模型？ [打印本页]

作者
Author: 赵云跳槽 时间: 2016-12-7 19:47
标题: 怎样形象的表示出隐性溶剂化模型？
我画的形象图为 (, 下载次数 Times of downloads: 35) 只是感觉好单调）

请问，大家看到文献中怎样表现这一形象的？希望大家推荐

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-12-8 00:07
之前PPT里用过将分子电子密度的某个等值面（isovalue比较小的一个）显示出来，范围比较大，然后切开露个口子，能看见藏里面的分子。不过这是骗不懂量化的人玩的，不知道行不行

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-8 16:57
你用范德华方式显示，然后把范德华表面和盒子之间区域填充灰色，再把体系改成CPK之类方式显示。就体现出孔洞，以及隐式溶剂所在区域了

作者
Author: 赵云跳槽 时间: 2016-12-8 21:45

sobereva 发表于 2016-12-8 16:57
你用范德华方式显示，然后把范德华表面和盒子之间区域填充灰色，再把体系改成CPK之类方式显示。就体现出孔 ...

还是不会弄

使用范德华方式显示和CPK之类方式显示都没问题
关键有几点不会
1. 对于盒子，一种是通过VMD中Drawing Method显示为Isosurface
(, 下载次数 Times of downloads: 52)
另一种就是通过《谈谈分子半径的计算和分子形状的描述》第三节那样弄盒子
但不知道怎样范德华表面和盒子之间区域填充灰色？
2. 怎样调节体现孔洞？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-9 02:07

赵云跳槽发表于 2016-12-8 21:45
还是不会弄

使用范德华方式显示和CPK之类方式显示都没问题

盒子就是像你1L那样画个框就行了，填充就ps一下

孔洞就在vdW方式显示后把vdW表面内部抠掉即可

都是通过ps实现

作者
Author: 赵云跳槽 时间: 2016-12-14 22:46
Sob老师的方法俺没有学到，就学到点皮毛，展示出来也让大家看看
(, 下载次数 Times of downloads: 39)

如果大家有更好的展示效果，也可以展示下

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-14 23:30
这样的图就已经可以了

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