计算化学公社

标题: 求教如何处理界面张力值波动大问题 [打印本页]

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-6-11 22:34
标题: 求教如何处理界面张力值波动大问题
本帖最后由 zhangfaxue 于 2024-6-12 09:34 编辑

油水界面，x是最长的，界面垂直于x轴，NPT系综跑了50ns利用公式计算界面张力，有如下几个问题：
首先我的mdp文件如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 21)
体系图：从左到右依次是水-油-水
(, 下载次数 Times of downloads: 23)
计算界面张力公式：
(, 下载次数 Times of downloads: 21)

问题：
1、求助含表面活性剂的油水界面表面张力如何计算
http://bbs.keinsci.com/thread-26296-1-1.html
(出处: 计算化学公社)
该帖子5楼修改方式，nstenergy = 50有什么依据吗？我的体系500可以吗？担心影响速度
2、pcoupltype = semiisotropic是控制x 和 y 方向的压力耦合各向同性，与 z 方向上的不同。根据我的体系界面是垂直于x,那我应该控制y.z方向压力耦合各向同性吗？如果是该怎么实现，因为没看到这样的设置
3、另外按照我自己的设置求界面张力时候发现每10ns统计一次界面张力，界面张力的数值波动很大，求界面张力值应该是整个50ns的平均值还是只要平衡阶段的值？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-12 04:48
引用北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里的ppt时不得把顶端的版权信息截掉
已经把你的图删了，以后注意

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-6-12 09:35

sobereva 发表于 2024-6-12 04:48
引用北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里的ppt时 ...

谢谢老师提醒，我已重新修改

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-12 16:12
1 数值越小，采样越多、统计精度越高。速度的影响实测便知。不是很小的值不至于对性能有多大影响

2 旋转体系再模拟。应尽量保持和习俗一致，即界面平行于XY，否则很多分析工具/脚本都没法直接用

3 只有对已平衡的区段进行统计才有实际意义

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-6-12 22:21

sobereva 发表于 2024-6-12 16:12
1 数值越小，采样越多、统计精度越高。速度的影响实测便知。不是很小的值不至于对性能有多大影响

2 旋转 ...

谢谢老师！

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