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标题: gaussian计算还原电位问题请教 [打印本页]

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Author: 大菠萝 时间: 2024-6-13 17:31
标题: gaussian计算还原电位问题请教
本帖最后由大菠萝于 2024-6-13 17:31 编辑

各位老师好，我想计算酯类分子的还原电位，查阅文献他们算的EC/Li+配合物相对于Li/Li+的还原电位大概都在0.5V左右。我自己重复了一下，算出来有1.38V，差距很大。下面是我的计算过程请各位老师帮忙看下问题出在哪。
1、在#p opt freq b3lyp/6-311+g(d,p) em=gd3bj scrf(SMD,solvent=water)级别下优化得电子前后的结构。得电子前电荷量设为1，自旋多重度为1.得电子后电荷量为0，自旋多重度为2
2、在#p B2PLYPD3/def2TZVP extrabasis级别下对1所得结构进行单点计算，并且添加了弥散。电荷量、自旋多重度和1一样。校正得到GA和GA-
3、在#p M052X/6-31G*、#p M052X/6-31G* scrf(SMD,solvent=water)级别下对1所得结构进行单点计算。电荷量、自旋多重度和1一样。相减计算出溶解自由能△GAs、△GA-s
换算为eV单位后，根据Ered=GA- - GA + △GA-s - △GAs - 3.0401（Li/Li+还原电位）得出还原电位
附件是得失电子前后俩个结构的优化输入文件

作者
Author: cokie 时间: 2024-6-13 20:54
检查一下
在SI Fig. 2里，文献用的是SMD/Acetone，你用的是SMD/water；
你用的优化泛函和文中一样吗？我看SI Fig.2中所写的泛函并没有加D3矫正和阻尼矫正；
你用的单点能计算的泛函/基组和文章里用的一样吗？
你用的Gaussian版本和文章里是一样的吗？

作者
Author: cokie 时间: 2024-6-13 21:08
话说“Ered=GA- - GA + △GA-s - △GAs - 3.0401（Li/Li+还原电位）”，这里面的G是能量吧，单位是eV，你减Li/Li+的标准电位之前换算成V了吗？

作者
Author: 大菠萝 时间: 2024-6-13 21:19

cokie 发表于 2024-6-13 20:54
检查一下
在SI Fig. 2里，文献用的是SMD/Acetone，你用的是SMD/water；
你用的优化泛函和文中一样吗？我 ...

感谢回答
SMD溶剂用的确实不一样，是我疏忽了，SI文件里他算EC的LUMO用的溶剂是水，下意识以为是统一的。
优化泛函用的和文献2是一样的。这部分计算的计算细节就这张图上这些了，校正没提加没加，这种有没有可能加了没写这样，我是本着加了没坏处的原则就加了。
单点计算的泛函/基组也没提，可能都没进行单点计算。
版本是一样的。
我主要是想问问我这个计算方法有没问题，那我照着所有级别都一样再试一遍，感谢。

作者
Author: 大菠萝 时间: 2024-6-13 21:34

cokie 发表于 2024-6-13 21:08
话说“Ered=GA- - GA + △GA-s - △GAs - 3.0401（Li/Li+还原电位）”，这里面的G是能量吧，单位是eV，你减 ...

E_red=-ΔG_red/nF，除以n就是转换为V了吧

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Author: cokie 时间: 2024-6-13 21:40

大菠萝发表于 2024-6-13 21:34
E_red=-ΔG_red/nF，除以n就是转换为V了吧

如果你除过nF的话就没啥问题

矫正后的自由能求差，得到的就是电离/结合能，再用nF除，最后减去标准电势，就可以了。

作者
Author: snnn1128 时间: 2025-4-13 17:09

大菠萝发表于 2024-6-13 21:19
感谢回答
SMD溶剂用的确实不一样，是我疏忽了，SI文件里他算EC的LUMO用的溶剂是水，下意识以为是统一的 ...

请问，遇到了一样的问题，您改了之后算出来的结果大概是多少呀，我发现算出来在0.2V左右，不知道问题出在哪里，敬请指教

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