计算化学公社

标题: 使用cp2k计算动力学时遇到的问题 [打印本页]

作者
Author: iamjjLin 时间: 2024-6-13 14:43
标题: 使用cp2k计算动力学时遇到的问题
我准备的电脑为64核，内存256G
我想使用cp2k计算动力学，方法为GFN1-xtb，遇到了一些问题，具体如下：
1、我这个配置应该保证整个体系的原子数大致在哪个范围？我之前建的体系为8000多原子，步长1fs时一天只能跑15步左右，个人觉得太慢，想提升到1天40-50步左右，应该建多大的体系？
2、还是之前那个8000原子的体系，我将整个体系优化完成后，使用CSVR热浴，temperature设为600K，步长1fs，跑了80步左右，但是结构出现了像“太阳爆发”一样的情况，整个体系的温度飙升到了千万K的级别，这是什么原因？步长太长？还是初始温度太高？
3、http://bbs.keinsci.com/forum.php ... cp2k%2B%C9%FD%CE%C2，按照这个帖子的说法，如果我想将体系从0K升到600K左右，这应该怎么写输入文件？是不是不能使用热浴的方法？那么annealing这个关键词应该写在哪？
4、计算动力学时，输出的.ener文件中Kin.[a.u.]、Pot.[a.u.]、Cons Qty[a.u.] ,这三个量代表什么？

以下为我的8000原子体系的图：
体系的初始结构（step=0）
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

动力学跑了70步左右的图
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-14 01:53
就算做到了“1天40-50步左右”，也根本啥都干不了。
就算用半经验级别，一般计算条件下（除非有上千核），一般的MD撑死了也就跑两千原子。
别好高骛远。该用经典力场用经典力场

3 不使用热浴怎么控温，当然得用热浴

4 动能、势能、保守量

作者
Author: iamjjLin 时间: 2024-6-14 15:09

sobereva 发表于 2024-6-14 01:53
就算做到了“1天40-50步左右”，也根本啥都干不了。
就算用半经验级别，一般计算条件下（除非有上千核）， ...

谢谢sob老师的回答！
我这个体系是一个衬底的优化，后期涉及重金属分子的沉积，所以没有采用经典力场来进行计算。
我想探究的是客体分子沉积后与衬底分子的相互作用。
我现在的打算是先将衬底体系优化并将其跑到600K时的平衡位置得到它的速度，后期再扩大衬底晶胞，进行客体分子的沉积。另一个方案是优化完衬底后，将衬底分子冻结，直接进行沉积。
我动力学接触的不是很多，如果方案有问题，希望sob老师能帮忙指出，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-14 17:41

iamjjLin 发表于 2024-6-14 15:09
谢谢sob老师的回答！
我这个体系是一个衬底的优化，后期涉及重金属分子的沉积，所以没有采用经典力场来 ...

光是优化一个衬底，用不着那么多原子数，通常一千原子以内的模型足够了

而且考察相互作用通常做做结构优化、算算结合能、做做波函数分析就能说明很大问题了，对大体系没必要非得硬着头皮跑动力学。

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