计算化学公社

标题: CI-NEB计算时，初末态固定后初末态能量不断变化 [打印本页]

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Author: 大耳朵涂涂 时间: 2024-6-13 15:18
标题: CI-NEB计算时，初末态固定后初末态能量不断变化
各位老师好，我在使用CI-NEB做过渡态搜索时，&OPTIMIZE_BAND下的OPTIMIZE_END_POINTS 设为F，不优化初末态，在实际计算过程中，初末态计算的能量一直在变化，且有时候有较大的变动，请问这个是什么原因呢？我看sob老师的培训资料提供的算例中，固定初末态之后，初末态的能量一直是一个值没变化。是不是我inp文件里有些设置不对呢？
附件是inp文件和CI-NEB的ener文件、
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-14 02:14
检查一下轨迹文件，首先确保首末两个点的几何结构确实始终没变

确保当前6个NEB点是同时跑的，即NUMBER_OF_REPLICA和NPROC_REP的乘积不超过并行核数，否则可能造成算一个NEB image的时候用的是另外的image收敛的波函数当初猜，结果收敛到了不是能量最低的解

另外，当前体系用MT结合二维周期性比起用三维周期性结合偶极校正更适合

作者
Author: 大耳朵涂涂 时间: 2024-6-14 11:04

sobereva 发表于 2024-6-14 02:14
检查一下轨迹文件，首先确保首末两个点的几何结构确实始终没变

确保当前6个NEB点是同时跑的，即NUMBER_O ...

谢谢sob老师。
1）我检查了轨迹文件，初末态的坐标始终没有发生变化，只有能量在变。
2）计算的时候是六个IMAGE一起跑的。不仅是这个任务的初末态能量在变，其他任务的初末态也是在变，能量在不断减小，只不过这个变化比较明显。
3）当时建模的时候参考了同体系计算的文献，基本都是使用的三维加偶极矫正。想请教一下老师，我这个薄层体系计算非均相催化，使用二维周期+MT计算优势在哪里呢，没有实际计算过二维+MT。如果要换成二维+MT的话，整体的模型基础设置等等是不是需要全都换掉。目前使用这个三维周期已经做了一部分工作了，担心换模型的话，工作量比较大。

作者
Author: 大耳朵涂涂 时间: 2024-6-14 12:05

sobereva 发表于 2024-6-14 02:14
检查一下轨迹文件，首先确保首末两个点的几何结构确实始终没变

确保当前6个NEB点是同时跑的，即NUMBER_O ...

计算的时候，波函数外推我设置的是EXTRAPOLATION USE_PREV_P，使用上一步的波函数作为初猜，不是默认的APSC。我在结构优化时发现这个可以很有效加快计算速度，这个设置会影响结果吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-14 17:30

大耳朵涂涂发表于 2024-6-14 11:04
谢谢sob老师。
1）我检查了轨迹文件，初末态的坐标始终没有发生变化，只有能量在变。
2）计算的时候是 ...

CP2K里用二维周期性原理上比用偶极校正更为理想，这是CP2K比起其它大多数第一性原理程序的一个优势之一，能利用最好利用。鉴于之前已经用偶极校正了，就先凑合用下去

你用的NPROC_REP 48，6个image一起跑，你的机子有>=288个物理核心？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-14 17:33

大耳朵涂涂发表于 2024-6-14 12:05
计算的时候，波函数外推我设置的是EXTRAPOLATION USE_PREV_P，使用上一步的波函数作为初猜，不是默认的AP ...

跟这个没必然关系

作者
Author: 大耳朵涂涂 时间: 2024-6-15 15:34

sobereva 发表于 2024-6-14 17:30
CP2K里用二维周期性原理上比用偶极校正更为理想，这是CP2K比起其它大多数第一性原理程序的一个优势之一， ...

用的是超算的资源，超算用的国产的CPU，单核效率不咋样，就是核心多，多节点并行起来速度也还看得看得过去。计算的时候我看几个image更新计算结果都是实时的，所以应该是几个一起跑的。

作者
Author: 大耳朵涂涂 时间: 2024-6-15 15:43

sobereva 发表于 2024-6-14 17:33
跟这个没必然关系

哦哦好。我正常计算的时候都设置的是EXTRAPOLATION USE_PREV_P，结果也都正常，
那如果不是这个的原因的话，那初末态能量变动可能就是软件自身的问题了吧。CP2K计算NEB的时候有一点我很好奇，最后计算各个IMAGE的时候为什么要带上初末态一起计算，如果固定初末态的话，这部分算力完全浪费，VASP就只计算插入到中间的点，感觉这样会很省算力。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-16 05:20

大耳朵涂涂发表于 2024-6-15 15:43
哦哦好。我正常计算的时候都设置的是EXTRAPOLATION USE_PREV_P，结果也都正常，
那如果不是这个的原因的 ...

用MEDIUM的PRINT_LEVEL，对比每次优化端点输出的信息看是否有什么端倪

6个点属于非常少的情况，往往都10个点左右甚至更多，末端两个点是否考虑不至于令计算成本相差很大

作者
Author: kirSTY 时间: 2024-9-3 20:36
NPROC_REP好像是根据启用的核心数除以NPROC_REP算出来的，设置的数字不一定有用。具体需要看下目录有多少个band文件，或是检查输出文件的如果不是同步算的，可能会用别的band的初猜算初末点造成能量变化？
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**  ########    ### ## ## ######## Nudged Elastic Band Method    **
**  ##    ## ## ## ### ## ##    ## String Method                **
**  ##    ##  ## ##  ####  ## ##    ##                                  **
**  ########  ##    ## ## ## ## ##    ## Number of Images :          8 **
**  ##    ## ######### ##  #### ##    ## Number of Replicas:          8 **
**  ##    ## ##    ## ## ### ##    ## Number of Procs/Rep:       1 **
**  ########  ##    ## ## ## ########                                  **
**                                        T. Laino  2009 - 2015          **
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