计算化学公社

标题: VMD通过pbc wrap处理过后，仍然无法解决pbc问题 [打印本页]

作者
Author: dujiangnan 时间: 2024-6-13 17:55
标题: VMD通过pbc wrap处理过后，仍然无法解决pbc问题
VMD通过代码pbc wrap -centersel protein -center com -compound residue -all处理过后，仍然无法解决pbc问题，vmd的drawing method里的dynamic bond也调节了，还是不行

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-14 01:42
那叫命令，不叫代码

drawing method如果用了dynamic bond，绝对不可能显示成当前这样

如果是gromacs的用户，通过trjconv结合-pbc mol处理轨迹解决

作者
Author: dujiangnan 时间: 2024-7-3 13:55

sobereva 发表于 2024-6-14 01:42
那叫命令，不叫代码

drawing method如果用了dynamic bond，绝对不可能显示成当前这样

我是用薛定谔跑的轨迹

作者
Author: dujiangnan 时间: 2024-7-3 13:59

sobereva 发表于 2024-6-14 01:42
那叫命令，不叫代码

drawing method如果用了dynamic bond，绝对不可能显示成当前这样

不好意思，sob老师，上面传错了图片，具体是会出现如上错误，Drawing method选用dynamic bonds，跑出来的轨迹仍然紊乱

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-3 14:08
本帖最后由乐平于 2024-7-3 14:13 编辑

dujiangnan 发表于 2024-7-3 13:59
不好意思，sob老师，上面传错了图片，具体是会出现如上错误，Drawing method选用dynamic bonds，跑出来的 ...

你的盒子边长设置对了吗？

pbc set {a b c} -all
pbc box
pbc wrap -all

复制代码

其中 pbc set {a b c alpha beta gamma} -all 里的 a, b, c 分别代表模拟盒子在 a, b, c 方向的长度，alpha, beta, gamma 分别代表 b c 的夹角，a c 的夹角，a b 的夹角（不输入的话，默认代表90°）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-3 20:11

dujiangnan 发表于 2024-7-3 13:59
不好意思，sob老师，上面传错了图片，具体是会出现如上错误，Drawing method选用dynamic bonds，跑出来的 ...

当前结构图没有什么问题
“轨迹仍然紊乱”语义不明

作者
Author: dujiangnan 时间: 2024-7-4 14:30

乐平发表于 2024-7-3 14:08
你的盒子边长设置对了吗？

请问一下盒子的大小一般设置为多少呀，我用的这个命令pbc wrap -centersel protein -center com -compound residue -all

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-4 15:23

dujiangnan 发表于 2024-7-4 14:30
请问一下盒子的大小一般设置为多少呀，我用的这个命令pbc wrap -centersel protein -center com -compou ...

…… 看来我猜对了…… 你没输入盒子大小……

盒子大小就是你跑 MD 的时候设置的 a b c 啊

作者
Author: dujiangnan 时间: 2024-7-7 14:35

乐平发表于 2024-7-4 15:23
…… 看来我猜对了…… 你没输入盒子大小……

盒子大小就是你跑 MD 的时候设置的 a b c 啊

通过修正,RMSD波动还是很大，这种情况下，还有可能是什么原因呢，求解

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-7 15:20

dujiangnan 发表于 2024-7-7 14:35
通过修正,RMSD波动还是很大，这种情况下，还有可能是什么原因呢，求解

你计算 RMSD 的步骤是什么？

最开始有没有跟第一帧的坐标对齐（align）？

作者
Author: dujiangnan 时间: 2024-7-7 15:22

乐平发表于 2024-7-7 15:20
你计算 RMSD 的步骤是什么？

最开始有没有跟第一帧的坐标对齐（align）？

align后进行的

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