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标题: Gromacs产生相阶段生成mdrun文件报错 [打印本页]

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Author: jlyjlysjd 时间: 2024-6-14 14:20
标题: Gromacs产生相阶段生成mdrun文件报错
本帖最后由 jlyjlysjd 于 2024-6-14 14:48 编辑

我的产生相阶段使用命令：
gmx grompp -f prd.mdp -o prd -pp prd -po prd -c eql -t eql后报了这个错。
(, 下载次数 Times of downloads: 16)
我是加入了nstvout= 500后就报错了，不太明白这个错误Did not find a frame with coordinates in file eql.trr意味着什么，请各位老师帮助。
另外同时有一个警报：WARNING: Did not find a frame with velocities in file eql.trr, all velocities will be set to zero! 不太能理解为什么会没有速度呢？
我是想做速度自相关的，但是自从加入了记录速度以后就开始报错了，请老师们帮我看看问题出在哪里了呢？
附：eql.mdp:
integrator             = md
dt                      = 0.002
nsteps                = 5000000

nstenergy             = 500
nstlog                = 500
nstxout-compressed    = 1000
nstvout                                        = 500
nstfout                                        = 500

constraint-algorithm    = lincs
constraints             = h-bonds

annealing = single
annealing_npoints = 7
annealing_time = 0 1000 2000 3000 4000 5000 7000
annealing_temp = 0 500 500 400 400 298.15 298.15

pbc                                        = xyz
cutoff-scheme          = Verlet
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.0
vdwtype                = Cut-off
rvdw                   = 1.0
DispCorr                = EnerPres

tcoupl                = V-rescale
tc-grps                = System
tau-t                   = 0.2
ref-t                   = 298.15

pcoupl                = C-rescale
tau_p                   = 1.0
compressibility       = 8.5e-5
ref_p                   = 1.0

gen_vel  = yes
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1

这里做完能量最小化以后，我让每一个离子都产生了一个速度，eql运行完后，每一个粒子是不是应该都有了一个自己的速度呢？
prd.mdp:
integrator             = md
dt                      = 0.002    ; 2 fs
nsteps                = 5000000 ; 5.0 ns

nstenergy             = 5000
nstlog                = 5000
nstxout-compressed    = 2000
nstvout                                        = 5000
nstfout                                        = 5000

continuation          = yes
constraint-algorithm    = lincs
constraints             = h-bonds

pbc                                        = xyz
cutoff-scheme          = Verlet

coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.0

vdwtype                = Cut-off
rvdw                   = 1.0
DispCorr                = EnerPres

tcoupl                = V-rescale
tc-grps                = System
tau-t                   = 0.2
ref-t                   = 298.15

pcoupl                = C-rescale
tau_p                   = 1.0
compressibility       = 8.5e-5
ref_p                   = 1.0

gen_vel  = no

在产生相这里我就设定为了no，想让粒子继续按着原有的速度模拟，但是就出现了上文的错误，请问这是怎么回事呢？

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