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标题: 用orca算静电势得到两个cube用VMD作图出现问题 [打印本页]

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-6-14 15:57
标题: 用orca算静电势得到两个cube用VMD作图出现问题
我首先是用Multiwfn计算一个大体系的静电势，跑了一周才算完。所以我换了orca来算，跑了一天得到两个cube（采用的是mep.py脚本，详见https://gist.github.com/mretegan ... _comment_id=4828020），我在跑mep.py前是用了keepdens算过了。

参照VMD官网指示：（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/31749.html）
1. Create an Isosurface representation for the density, color by Volume and select the potential cube file as the data set for the color.
2. Adjust the color range in the Trajectory tab of the Representations window.

我把两个cube拖到VMD里面，然后把eldens.cube，这个density cube用isosurface画，颜色采用volume。接下来官网的指示就看不懂了。“把mep.cube这个potential cube选为color的data set，再调整trajectory的color range”这句话是什么意思？
mep.cube明明是另外一个rep，既没有说用什么drawing method也没有说coloring method，只说设为color，这是什么操作呢？
我调整过eldens.cube的trajectory的color range，试了好几个范围，得到的都是纯色的图像，是我哪里理解错了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-14 16:06
先说清楚所谓的大体系什么样、多少原子、用Multiwfn什么版本（具体到更新日期）怎么算的静电势，没这些信息此问题毫无意义，而且会严重误导别人、导致别人真以为用Multiwfn慢
Multiwfn当前版本算静电势的速度绝不比ORCA慢，仔细看此文的对比
Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表！
http://sobereva.com/614（http://bbs.keinsci.com/thread-24940-1-1.html）
此文里的例子，400原子的MOF体系的表面静电势的绘制，用一个如今称得上是垃圾佬服务器的2*2696v3才花了半个小时就算完了，我不理解你是怎么用Multiwfn算一个礼拜的，明显用法不对。

按下文绘制是目前据我所知最快的得到表面静电势图的做法（基于原子电荷等方式获得静电势另谈）。用其它做法都只会更慢，而且明显麻烦得多、绕弯路
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
ORCA用户只需要把上文例子里的fch改成ORCA产生的molden文件就完了。

之所以Multiwfn+VMD绘制表面静电势图速度巨快，普通双路服务器上对于中等基组的情况算好几百个原子体系都没问题，不仅因为Multiwfn目前版本自身算静电势的代码本来就非常快（看PCCP文章里的对比），还关键在于使用上面的脚本计算时Multiwfn只计算0.001 a.u.电子密度等值面附近格点的静电势，因此极大地节约了静电势格点数据的计算时间，在下文里有明确说明。
巨幅降低Multiwfn结合VMD绘制分子表面静电势图耗时的一个关键技巧
http://sobereva.com/602（http://bbs.keinsci.com/thread-23859-1-1.html）

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-6-14 21:01
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-6-14 22:29 编辑

sobereva 发表于 2024-6-14 16:06
先说清楚所谓的大体系什么样、多少原子、用Multiwfn什么版本（具体到更新日期）怎么算的静电势，没这些信息 ...

我以前用的是2024年3月的版本，而且不是用的您发的贴子的脚本，可能这是原因。不是Multiwfn软件的原因，是操作的原因。

下载了最新的Multiwfn在windows跑，双击bat，Multiwfn运行了，但是不知道什么原因退出了，而且没有生成pdb。在linux下用绝对路径运行bat，显示move这个命令不能用
我跑的是范例。

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-6-14 21:05
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-6-14 22:32 编辑

我已经用orca跑出了两个cube，但是画不出彩色的surface，而是纯色的surface，请问是什么原因？一楼说的VMD的官方指导看不懂，有没有做过orca静电势的图的大侠能指点一下呢？感激不尽！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-15 00:47

Oliviaw 发表于 2024-6-14 21:01
我以前用的是2024年3月的版本，而且不是用的您发的贴子的脚本，可能这是原因。不是Multiwfn软件的原因，是 ...

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

仔细照着上文末尾的红字检查

bat是windows下的批处理脚本，显然不可能在linux下运行。文中明确说了

本文的.bat批处理文件是Windows下的，如果想在Linux下也类似地通过脚本快速绘制，看Multiwfn手册4.A.13节的第9部分（此外，也可以手动在性能较好的Linux服务器上把VMD脚本绘图所需的文件算出来，然后自行拷到Windows的VMD目录下再用VMD的脚本绘图）。

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-6-15 14:14

sobereva 发表于 2024-6-15 00:47
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://soberev ...

我之前用的是VMD1.9.4，不能改安装路径，现在换了1.9.3，改了安装路径，能跑出例子，谢谢！

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