标题: 计算相互作用能提取轨迹时xtc与ndx文件原子数不匹配问题 [打印本页] 作者Author: lrl 时间: 2024-6-14 16:15 标题: 计算相互作用能提取轨迹时xtc与ndx文件原子数不匹配问题 各位老师好，我想要计算Gromacs成品中两个组分间的相互作用能，按照该方法从AB.xtc中提取B.xtc时， (, 下载次数 Times of downloads: 13)
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命令为：gmx trjconv -f AB.xtc -s NVT.mdp -c AB.gro -n AB.ndx -o B.xtc 时，
发生如下报错：
Fatal error:
Index[4800] 12701 is larger than the number of atoms in the trajectory file (12700). There is a mismatch in the contents
of your -f, -s and/or -n files.
看起来是.ndx文件中多了一个原子，但是我反复检查了.ndx文件，没有发现哪里多出来了原子。
我还怀疑是生成AB.xtc时有原子跑出了盒子，所以对AB.xtc进行了pbc ，还是一样的报错.
请问各位老师有遇到过这种情况吗？该如何解决呢？