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标题: 请问如何用gromacs计算同组分子间的相互作用 [打印本页]

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Author: gaochangcheng 时间: 2024-6-15 12:59
标题: 请问如何用gromacs计算同组分子间的相互作用
我的体系内有100个尼古丁分子，200个氮气分子（其他分子较少忽略），在MD模拟过程中100个尼古丁分子发生团聚，并吸引少量的氮气，请问如何计算100个尼古丁分子之间的相互作用呢？之前看过一个相关帖子，说用gmx energy指令选LJ:SR nicotine-nicotine，算出来的包括100个尼古丁分子间的LJ以及100个尼古丁分子内的LJ。
所以请问：1.我用指令算出来的100个尼古丁的LJ（分子间+分子内）减去1个尼古丁分子的能量（我理解的只有分子内）*100=100个尼古丁分子间的LJ，对吗？
2.我还想计算一下尼古丁分子与氮气的相互作用，通过指令gmx energy选LJ:SR nicotine-N2,算出来的直接是尼古丁与氮气分子间的相互作用吗？还是包括100个尼古丁分子间的相互作用+100个尼古丁分子内的相互作用+200个氮气分子间的相互作用+200个氮气分子内的相互作用+尼古丁与氮气的分子间相互作用，再通过1的方法在逐个减去得到。这个想法是通过另一篇帖子得到的，我已附上链接https://jerkwin.github.io/2019/0 ... %E4%BD%9C%E7%94%A8/

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