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标题: 用gentor得到一批分子初始构象，然后xtb在GFN0-xTB下做批量优化，发现结构不合理 [打印本页]

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Author: 阿西西 时间: 2024-6-15 18:28
标题: 用gentor得到一批分子初始构象，然后xtb在GFN0-xTB下做批量优化，发现结构不合理
本帖最后由阿西西于 2024-6-16 13:31 编辑

新手求助，如有打扰，请各位大佬见谅：

1.看了sobereva老师的帖子使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索、使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)以及[Molclus] gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具。这两天刚学了molclus，用gentor产生了一批分子的初始构象（1201个），得到的mol.xyz用VMD查看结构合理，接着用molclus调用xtb在GFN0-xTB下做几何优化（iprog= 4，itask= 0，xtb_arg= "--gfn 0 --chrg 0 --uhf 0），计算完之后运行isostat（0.5和0.5）得到437个非重复结构产生，但是我发现结构不合理了，不同原子直接发生成键，请问这种情况应该如何解决？
2.看完帖子，我还打算通过Molclus调用xtb，对第一次xtb优化产生的每一个结构用GFN2-xTB在溶剂模型（使用甲苯）下进行批量优化，是不是能直接这么写？
xtb_arg= "--gfn 2 --gbsa toluene --chrg 0 --uhf 0"

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Author: wzkchem5 时间: 2024-6-15 18:36
GFN0-xTB是一个很粗糙、且经验性比较强的方法，对于不常见的键出现定性错误是很正常的。
可以考虑改用GFN-xTB或GFN2-xTB

作者
Author: 阿西西 时间: 2024-6-15 19:14
本帖最后由阿西西于 2024-6-15 19:15 编辑

wzkchem5 发表于 2024-6-15 18:36
GFN0-xTB是一个很粗糙、且经验性比较强的方法，对于不常见的键出现定性错误是很正常的。
可以考虑改用GFN- ...

十分感谢您的指点，我去试试

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-15 19:53
对于好几百个原子，为了节约时间可以凑合用GFN0-xTB做初筛的目的，当前这么小体系用GFN0-xTB毫无意义。另外，对于成键方式不是很特别的有机分子，与其用很糙的GFN0-xTB还不如尝试更便宜的GFN-FF力场，不仅更快结果还可能更好，至少不至于成键关系都不对。

作者
Author: 阿西西 时间: 2024-6-15 22:05

sobereva 发表于 2024-6-15 19:53
对于好几百个原子，为了节约时间可以凑合用GFN0-xTB做初筛的目的，当前这么小体系用GFN0-xTB毫无意义。另外 ...

请问老师使用GFN-FF力场的话，是在settings.ini中改参数吗？
xtb_arg= "--gfnff --chrg 0 --uhf 0"

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-16 05:32

阿西西发表于 2024-6-15 22:05
请问老师使用GFN-FF力场的话，是在settings.ini中改参数吗？
xtb_arg= "--gfnff --chrg 0 --uhf 0"

是

作者
Author: 阿西西 时间: 2024-6-18 21:24
本帖最后由阿西西于 2024-6-19 08:40 编辑

请管理员删帖

作者
Author: 阿西西 时间: 2024-6-18 21:44

sobereva 发表于 2024-6-16 05:32
是

sob老师，我使用GFN-FF力场，算完发现我的结构全部散掉啦，该如何解决这个问题呢？

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Author: sobereva 时间: 2024-6-19 05:12

阿西西发表于 2024-6-18 21:44
sob老师，我使用GFN-FF力场，算完发现我的结构全部散掉啦，该如何解决这个问题呢？

拿出一帧结构结构自己手动用xtb跑GFN-FF的几何优化，玩明白了再说molclus调用的事
如果证实了GFN-FF对当前体系不靠谱就别用这个级别

作者
Author: 阿西西 时间: 2024-6-19 09:28
本帖最后由阿西西于 2024-6-21 09:07 编辑

sobereva 发表于 2024-6-19 05:12
拿出一帧结构结构自己手动用xtb跑GFN-FF的几何优化，玩明白了再说molclus调用的事
如果证实了GFN-FF对当 ...

我尝试了把在gentor得到的traj.xyz（换了取代基）放入xtb/bin目录下，手动用xtb跑GFN-FF，得到的xtb.trj换成.xyz格式后用vmd打开结构是对的，也没有散，而且我没有换取代基时的结构在molclus调用下xtb跑GFN-FF得到的结构也正常。现在的问题就是换了取代基后用molclus调用xtb就散了，我只是把两个氢原子换成了卤素原子，其他的均未改变，都是同一个体系，老师您可以帮我看看应该是问题出在哪里了吗？万分感谢

settings.ini： iprog= 4；itask= 0；xtb_arg= "--gfnff --chrg 0 --uhf 0

补充一点：换了取代基的结构用molclus调用xtb跑GFN1-xtb结构也正确，但时间大大增长，所以如果能用GFN-FF的话我还是想用它，实在不行的话我再把其他的换成GFN1-xtb

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