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标题: 计算小白请教各位老师：cp2k计算CO分子吸附Cu32H20团簇的分子动力学如何设置k点 [打印本页]

作者
Author: Revolulu 时间: 2024-6-16 18:47
标题: 计算小白请教各位老师：cp2k计算CO分子吸附Cu32H20团簇的分子动力学如何设置k点
各位老师好！我想用cp2k计算一个co分子吸附在Cu32H20团簇附近的分子动力学，请问k点如何设置呢？
这是初始结构图：

这是cp2k的输入文件，请各位老师指教：
&GLOBAL
  PROJECT md
  RUN_TYPE MD
  PRINT_LEVEL low
&END GLOBAL

&FORCE_EVAL
  METHOD Quickstep             ! Electronic structure method (DFT,...)
  &DFT
BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
POTENTIAL_FILE_NAME  GTH_POTENTIALS
! PLUS_U_METHOD mulliken

LSD !相当于VASP中的spin
CHARGE 0 !体系中的整个电荷
! MULTIPLICITY  1  !自选多重度

&POISSON                   ! Solver requested for non periodic calculations
   PERIODIC xyz
!    PSOLVER  WAVELET       ! Type of solver
&END POISSON

&SCF
   SCF_GUESS  ATOMIC
   EPS_SCF 1.0E-6
   MAX_SCF 300
   &OT  ON
      MINIMIZER CG
      LINESEARCH 2PNT
      PRECONDITIONER FULL_ALL #如果体系难以收敛，可以用FULL_ALL（稳定，耗时）
   &END OT
   &OUTER_SCF T
      EPS_SCF 1.0E-06
      MAX_SCF 30
   &END OUTER_SCF
&END SCF

&QS
   EPS_DEFAULT 1.0E-014 !控制DFT等计算的一些参数精度的，一般设置1.0E-14即可，很大的体系可以改为1.0E-12
   WF_INTERPOLATION ASPC !控制波函数外推的方法。可以加快SCF收敛
   EXTRAPOLATION_ORDER 3 !等级默认3即可，要是认为跑的很慢的话，就选择2或者1
   METHOD GPW
&END QS

&MGRID
   NGRIDS 4
   CUTOFF 500
   REL_CUTOFF 60
&END MGRID

&XC
   &XC_FUNCTIONAL PBE
   &END XC_FUNCTIONAL
   &vdW_POTENTIAL
      DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL
      &PAIR_POTENTIAL
         TYPE DFTD3
         REFERENCE_FUNCTIONAL PBE
         PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
      R_CUTOFF [angstrom] 15
   &END PAIR_POTENTIAL
   &END vdW_POTENTIAL
&END XC
  &END DFT

  &SUBSYS
&CELL
   ABC 20 20 20
   ALPHA_BETA_GAMMA 90 90 90
   PERIODIC xyz             ! Non periodic calculations. That's why the POISSON section is needed
&END CELL
&TOPOLOGY                   ! Section used to center the atomic coordinates in the given box. Useful for big molecules
   &CENTER_COORDINATES
   &END
   COORD_FILE_FORMAT xyz
   COORD_FILE_NAME  4h2.xyz
&END

&KIND H
   ELEMENT H
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-PBE-q1
&END KIND
&KIND C
   ELEMENT C
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-PBE-q4
&END KIND
&KIND O
   ELEMENT O
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-PBE-q6
&END KIND
&KIND S
   ELEMENT S
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-PBE-q6
&END KIND
&KIND P
   ELEMENT P
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-PBE-q5
&END KIND
&KIND Cu
   ELEMENT Cu
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-PBE-q11
&END KIND
  &END SUBSYS
&END FORCE_EVAL

&MOTION
  &MD
ENSEMBLE NVT
STEPS 10000
TIMESTEP 0.5
TEMPERATURE 300.0
  # ANNEALING 0.98 !模拟退火用的参数，开启时，下面的调温器就要关闭。
&THERMOSTAT
   TYPE NOSE
# REGION MASSIVE
   &NOSE
      LENGTH 3
      YOSHIDA 3
      MTS 2
      TIMECON [wavenumber_t] 1000
   &END NOSE
&END THERMOSTAT
  &END MD

  &PRINT
&TRAJECTORY
   &EACH
      MD 1
   &END EACH
&END TRAJECTORY
&VELOCITIES
   &EACH
      MD 1
&END EACH
&END VELOCITIES
&RESTART_HISTORY
   &EACH
      MD 5000
   &END EACH
&END RESTART_HISTORY
  &END PRINT

  &CONSTRAINT
&FIXED_ATOMS
   COMPONENTS_TO_FIX XYZ
   LIST 1..76
&END FIXED_ATOMS
  &END CONSTRAINT
&END MOTION

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-16 19:16
计算孤立体系根本没有k点的事
绝对不要把CP2K当黑箱用，必须掌握第一性原理理论和程序的基本知识再用，否则只会胡算瞎算白浪费时间

作者
Author: Revolulu 时间: 2024-6-16 19:33
非常感谢sob老师百忙之中的回复，也认识到了自己的不足，还想请问这个体系设置gamma点可以吗？还是直接不考虑设置了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-17 00:10

Revolulu 发表于 2024-6-16 19:33
非常感谢sob老师百忙之中的回复，也认识到了自己的不足，还想请问这个体系设置gamma点可以吗？还是直接不考 ...

不考虑k点=只使用gamma点
或者你在CP2K里当成非周期性来计算，这时候连gamma点的概念都没有

作者
Author: Revolulu 时间: 2024-6-17 15:44
好的好的，谢谢sob老师的耐心指导，以后一定会好好打基础多请教学习

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