标题: 使用相同语法在轨迹文件和从TPR转换得到的PDB文件选取的原子不同 [打印本页] 作者Author: 情随风去 时间: 2024-6-16 21:49 标题: 使用相同语法在轨迹文件和从TPR转换得到的PDB文件选取的原子不同 在仿照http://sobereva.com/591对自己的蛋白-小分子配体模拟结果做aNCI分析时，发现使用相同的语法
resname MOL or protein same resid as within 3.5 of resname MOL
对于轨迹文件和按教程从TPR文件转换获得的PDB文件中选取的原子不同，如图片中所示，从PDB中选取的原子会多出K71氨基酸，导致最后生成的PDB文件和从轨迹中提取的XYZ文件原子序号不对应。反复调整选择语句也没有能够把K71从选区中删掉。
请问造成这种现象的原因是什么，应该如何解决？谢谢！
TPR文件，TPR文件转换获得的PDB文件，模拟结束后生成的去水GRO文件已经上传，去水后的XTC轨迹文件可以在 https://pan.baidu.com/s/1_UqEMAaD_bqfq02gUpV_gg?pwd=x49n 下载。
非常感谢！