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标题: 求助多配体MD模拟中配体是否相互作用的问题 [打印本页]

作者
Author: zmyth 时间: 2024-6-17 10:33
标题: 求助多配体MD模拟中配体是否相互作用的问题
各位老师好，第一次做多配体MD模拟，我想请教一下多配体MD过程中两个配体之间的关系是下面的哪种情况还是有着其他情况？
1、两个配体互不干扰？
2、两个配体之间仅存在空间位阻的影响?
3、两个配体在与蛋白模拟过程中也会发生相互作用?

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-18 02:19
完全看实际体系，如果两个配体明显都不挨着，三个情况都不存在

作者
Author: zmyth 时间: 2024-6-18 09:49

sobereva 发表于 2024-6-18 02:19
完全看实际体系，如果两个配体明显都不挨着，三个情况都不存在

好的，谢谢老师

作者
Author: zmyth 时间: 2024-6-18 10:54

sobereva 发表于 2024-6-18 02:19
完全看实际体系，如果两个配体明显都不挨着，三个情况都不存在

老师，我跑了一个多配体的MD模拟，分析发现两个配体的运动轨迹存在着重叠，那两个配体之间是不是存在着相互作用的可能？分析单独一个配体的结合能之类的数据会考虑到与另一个配体的相互作用吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-19 04:59

zmyth 发表于 2024-6-18 10:54
老师，我跑了一个多配体的MD模拟，分析发现两个配体的运动轨迹存在着重叠，那两个配体之间是不是存在着相 ...

各自走过的轨迹存在重叠不意味着有某个时刻正好距离较近
考察配体之间最近距离随时间变化是更严格的考察方式

会考虑到另外的配体对其运动/位置的影响

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