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标题: cp2k使用杂化泛函计算较大二维体系能带时该如何控制内存使用量？ [打印本页]

作者
Author: h2ospume 时间: 2024-6-17 16:58
标题: cp2k使用杂化泛函计算较大二维体系能带时该如何控制内存使用量？
各位老师好！本人是今年刚参加完第三届培训开始学习cp2k的小白。
目前在使用cp2k计算Ca原子内嵌金属富勒烯的二维聚合物（Ca@C60）的能带时总是遇到内存不足的问题，想知道如何才能控制内存使用量。
情况为每次计算均在SCF WAVEFUNCTION OPTIMIZATION第一步处内存不足终止
计算使用的是学校的集群，单节点有64核，内存有512G，采用slurm调度系统和module，相关软件版本为：openmpi/4.1.5-gcc_13.1.0，singularity/3.11.1，intel-oneapi-mpi/2021.9.0，gcc/13.1.0。
输入文件见附件，由multiwfn（ Version 3.8(dev), release date: 2024-Apr-17）生成。计算过程中内存使用的曲线，sbatch命令及晶胞结构如图。一个晶胞中包含两个Ca@C60,共计122个原子。
我首先使用PBE进行了计算，非常顺利。将生成的.kp文件作为初猜，再使用HSE06+ADMM+RI-HFX进行计算，开启了smearing，k点为1,2,1.
最初我使用的是官方docker镜像配合学校集群上的singularity进行的计算，在出现内存不足的情况下进行了如下尝试：
1.认为是内存溢出导致的，重新使用toolchain+openmpi的方式编译了cp2k，无效。
2.转为使用intelmpi编译，在集群上不能正常运行，遂放弃。
3.调整mpirun -np参数以及OMP_NUM_THREADS参数，分别尝试了只使用64核中的32核，20核甚至3核，即-np后设为相应数字，对内存占用毫无影响，依旧内存不足程序终止，只是计算速度会变慢。
4.修改输入文本，写入
&MEMORY
MAX_MEMORY 3000
&END MEMORY
无论MAX_MEMORY后数值如何均无效。
5.尝试了PBE0，也会内存不足。
6.分别换用了popt，psmp和ssmp版，均无效。
7.使用培训提供的例子（hBN）进行计算，一切正常。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-18 02:26
RI-HFX（具体来说是RI-HFXk）算这个绝对没戏。一般计算条件下只能算晶胞里有个位数原子的情况，否则又不算不动内存又肯定不够
RI-HFXk生来就是专用于算晶胞里原子很少结合很多k点的情况的。这一点我在北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里明确讲了：

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

这个体系目前CP2K只能推荐用HLE17纯泛函算能带。虽然扩胞后用gamma点做杂化泛函计算然后反折叠原理上可行，但目前没有结合CP2K做反折叠的程序。

作者
Author: h2ospume 时间: 2024-6-18 09:03

sobereva 发表于 2024-6-18 02:26
RI-HFX（具体来说是RI-HFXk）算这个绝对没戏。一般计算条件下只能算晶胞里有个位数原子的情况，否则又不算 ...

好的，谢谢sob老师！

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