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标题: groamcs使用msd和velacc函数计算扩散系数的差异问题 [打印本页]

作者
Author: jlyjlysjd 时间: 2024-6-17 19:13
标题: groamcs使用msd和velacc函数计算扩散系数的差异问题
对于同一个产生相，使用gmx msd和速度自相关产生出来的扩散系数有明显差异，应该怎么判断哪一个是准确的呢？
对于1M MgCl2溶液，体系使用500个水分子，9个Mg和18Cl。
计算Mg离子的扩散系数：
使用gmx msd选择Mg，直接算出来的扩散系数是：@ s0 legend "D[ Mg] = 0.2957 (+/- 0.2086) (1e-5 cm^2/s)"
而使用使用gmx velacc和gmx analyze -integrate 利用速度自相关函数积分后除以3，求出来的是0.008231067 cm^2/s
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从量级上分析都差异很大，这是什么原因呢，哪一个是正确的呢？

作者
Author: 梵墨 时间: 2024-8-11 10:46
用的什么力场，什么电荷

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