计算化学公社

标题: 如何让钙离子仅在蛋白质周围（与蛋白质的距离在一定范围内）移动？ [打印本页]

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-6-18 08:44
标题: 如何让钙离子仅在蛋白质周围（与蛋白质的距离在一定范围内）移动？
我想模拟钙离子与蛋白的结合情况，想要让钙离子在蛋白周围（指定范围内或位置）运动，以提高结合的概率（或者说提高模拟的效率）。想问一下有什么方法可以实现我这个想法呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-18 09:51
没有理想的做法
可以考虑适当增加钙离子的浓度以增加采样效率

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-6-18 15:54
sob老师，我之前尝试过增加钙离子数量，添加500个也没有结合点。所以想尝试限定离子位置。我看有的帖子说用bond+简谐式或者用MCPB给钙离子创建一个符合力场的参数。您对此有什么看法呢，可行吗？谢谢老师

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