计算化学公社

标题: 计算片段回转半径求助 [打印本页]

作者
Author: Yvvq 时间: 2024-6-18 15:46
标题: 计算片段回转半径求助
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-18 18:42
在Multiwfn的框架内解决。别遇到什么问题就先想着换程序，又不是没法解决。据我所知就没有其它任何公开的程序直接能算这种量
仔细检查操作确保无误，Multiwfn不会无缘无故给你离谱的结果。
自己搞不明白就把问题全面完整描述清楚，给出具体文件和具体操作，否则没人帮得了你

作者
Author: Yvvq 时间: 2024-6-18 19:07

sobereva 发表于 2024-6-18 18:42
在Multiwfn的框架内解决。别遇到什么问题就先想着换程序，又不是没法解决。据我所知就没有其它任何公开的程 ...

好的卢老师，我已经把具体操作和具体文件贴上了。
(.cube是原文件，.cub是我用Multiwfn产生的积分屏蔽文件）

作者
Author: xujc1983 时间: 2024-6-18 19:50
回转半径不可以自己算吗？印象里好像是各个原子到质心距离是均方根吧，MS里直接就可以分析的

作者
Author: Yvvq 时间: 2024-6-18 20:01

xujc1983 发表于 2024-6-18 19:50
回转半径不可以自己算吗？印象里好像是各个原子到质心距离是均方根吧，MS里直接就可以分析的

我想分析动力学轨迹中的内容，如果一个个手动提出来算太麻烦了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-19 05:23

xujc1983 发表于 2024-6-18 19:50
回转半径不可以自己算吗？印象里好像是各个原子到质心距离是均方根吧，MS里直接就可以分析的

当前问题和基于原子坐标算回转半径的情况完全是两码事，当前算的是特定实空间函数的回转半径，M$没有这种计算功能。看此文
使用Multiwfn展现过剩电子（excess electron）并计算它的回转半径
http://sobereva.com/658（http://bbs.keinsci.com/thread-34812-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-19 05:54
把等值面数值设成相同的再比
都用0.000381903等值面数值，这两个文件的等值面如下，明显Multiwfn很好地实现了屏蔽

作者
Author: Yvvq 时间: 2024-6-19 08:49
本帖最后由 Yvvq 于 2024-6-21 08:36 编辑

sobereva 发表于 2024-6-19 05:54
把等值面数值设成相同的再比
都用0.000381903等值面数值，这两个文件的等值面如下，明显Multiwfn很好地实 ...

谢谢卢老师，是我疏忽了这个问题，卢老师我希望能够在linux-Multiwfn中通过脚本进行批量计算格点数据屏蔽后cub的新自旋中心以及对应的回转半径。之前已经写好了一个脚本。
操作内容更新在了主贴，是脚本主要步骤的提取。

请问：直接用以上方法计算回转半径是会偏大，如果把aimd几千帧都一个个修改iso太麻烦，请问有什么很好的方式能够调用Multiwfn读取原来的iso的同时并将新的iso也设为该值再进行回转半径的计算（或者说只需要基于一个基准iso，通过修改新cub文件的iso为基准iso，然后进行回转半径的计算）。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-20 00:34

Yvvq 发表于 2024-6-19 08:49
谢谢卢老师，是我疏忽了这个问题，卢老师我希望能够在linux-Multiwfn中通过脚本进行批量计算积分屏蔽后cu ...

可视化程序里的等值面数值（isovalue）仅仅影响图像显示，和Multiwfn计算回转半径没有任何直接联系

作者
Author: Yvvq 时间: 2024-6-20 08:08
本帖最后由 Yvvq 于 2024-6-21 08:36 编辑

sobereva 发表于 2024-6-20 00:34
可视化程序里的等值面数值（isovalue）仅仅影响图像显示，和Multiwfn计算回转半径没有任何直接联系

卢老师，我抽取了aimd较后的一帧进行计算（文件已经更新放到主贴），按理水合电子已经全部转移到底物上，此时我对底物的自旋密度全部屏蔽，按理得到的回转半径会明显小于水合电子的正常值（2.5左右），但计算后得到的回转半径约为5 埃（回转半径和自旋中心的计算结果也贴上了）。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-21 06:00
那不叫什么“积分屏蔽”，那叫格点数据的屏蔽。积分屏蔽有专门的含义
说明当前什么泛函算的

作者
Author: Yvvq 时间: 2024-6-21 08:38

sobereva 发表于 2024-6-21 06:00
那不叫什么“积分屏蔽”，那叫格点数据的屏蔽。积分屏蔽有专门的含义
说明当前什么泛函算的

好的老师，我已经对上贴的内容修改。
我使用的是PBE-D3/GTH-DZVP计算的AIMD，在Multiwfn中使用用户自定义函数计算的回转半径。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-22 02:14

Yvvq 发表于 2024-6-21 08:38
好的老师，我已经对上贴的内容修改。
我使用的是PBE-D3/GTH-DZVP计算的AIMD，在Multiwfn中使用用户自定 ...

纯泛函算水合电子烂得一塌糊涂，离域性误差太大，水合电子分布过度分散
先把这个硬伤解决了再说当前问题。至少应当用HF成份不低于PBE0的泛函

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）课上的水合电子的例子我都是用的PBE0

作者
Author: Yvvq 时间: 2024-7-3 08:33

sobereva 发表于 2024-6-22 02:14
纯泛函算水合电子烂得一塌糊涂，离域性误差太大，水合电子分布过度分散
先把这个硬伤解决了再说当前问题 ...

老师，我听您的尝试PBE0/GTH-DZVP去拟合，目前跑了将近2 ps，结果发现水合电子始终没有靠近反应物的趋势，而是十分稳定地存在于空腔中，老师您觉得还需要继续跑吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-3 20:09

Yvvq 发表于 2024-7-3 08:33
老师，我听您的尝试PBE0/GTH-DZVP去拟合，目前跑了将近2 ps，结果发现水合电子始终没有靠近反应物的趋势 ...

这本身就没任何异常。反倒是离域性误差很大的纯泛函很容易导致额外电子分布过度分散
如果你认为就应该往反应物上转移，跑更长时间再看，或者一开始就把反应物摆得离空腔更近

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