计算化学公社

标题: 用MS构建高分子聚合物周期性体系如何正确导出能用于gromacs的mol2文件 [打印本页]

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-6-18 15:53
标题: 用MS构建高分子聚合物周期性体系如何正确导出能用于gromacs的mol2文件
用MS构建高分子聚合物周期性体系，导出不了mol2文件，按照网上的帖子转换成cif格式以后，一方面所有氢原子与其他原子没有键连关系，另一方面苯环结构出现错误，出现三键。请问该如何导出成gromacs 能用的mol2文件

作者
Author: zql2023 时间: 2024-6-18 17:05
周期性体系得用pdb文件吧，sob老师在sobtop “FAQ 14：为什么sobtop产生的周期性体系的拓扑文件里面有平衡键长很大（如几nm）的bond项？”里说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-18 19:51
GROMACS根本就不直接支持mol2格式，提问时候必须把问题交代完整，仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-6-18 20:01
好的，老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)