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标题: PDBePISA分析GRAMM生成的蛋白-蛋白对接显示有氢键，但在pymol里不显示氢键是为什么呢 [打印本页]

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Author: Willow0114 时间: 2024-6-18 16:02
标题: PDBePISA分析GRAMM生成的蛋白-蛋白对接显示有氢键，但在pymol里不显示氢键是为什么呢
我用PDBePISA分析GRAMM生成的蛋白-蛋白对接结果，显示存在氢键作用，但当我在pymol里分析处理对接结果的时候不显示氢键，只能显示一定范围内的是的残基，这是为什么呢？我应该怎么解决呢？

作者
Author: dayu8278 时间: 2024-6-19 08:49
pymol里你是用的哪个选项显示氢键的？最好给出pymol图

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-6-19 09:45
方法有两种：第一种是显示对接分子5A范围内的残基（show sticks,byres ela within 5 of col）然后寻找两个分子之间的氢键（A-find-polar contact to any atoms）；第二种是选择其中一个蛋白质（A-find-polar contact to other atoms in object）.但都不显示

作者
Author: student0618 时间: 2024-6-23 23:19
本帖最后由 student0618 于 2024-6-24 01:44 编辑

只用圖形介面的話，少數幾個H-bonds直接用Wizard -> measurement 測量距離的工具，測另一個方法給出的 H-bonds表格所列出的原子間的距離也可以標記出來，數分鐘也可完成。

第一種Selection, 假設select了所有interface residues(顯示為stick的residues), 試試find polar contacts within selection?

不同software計算H-bonds所用方法和預設的參數或有不同，如果要在PyMOL完全反映其他方法detect的H-bonds 可能要手動調整。

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