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标题: 求助gmx make_ndx将蛋白和配体组合并保存之后算RMSD时没有出现该有的组 [打印本页]

作者
Author: Panzer1126 时间: 2024-6-18 19:07
标题: 求助gmx make_ndx将蛋白和配体组合并保存之后算RMSD时没有出现该有的组

通过gmx_make_ndx指令将蛋白和配体组合并保存之后生成的index.ndx文件中有Pro_Ligand的Group 18数据

(, 下载次数 Times of downloads: 11)

但是在后续步骤生成RMSD.xvg的选项中并没有group 18.

诚心求教各位大佬哪一块出了问题。

作者
Author: Dempey 时间: 2024-6-18 19:24
你是不是在gmx rms的命令里没-n index.ndx?

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-18 19:49
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “蛋白质_配体的RMSD生成” 改了，以后务必注意

作者
Author: Panzer1126 时间: 2024-6-18 21:42

sobereva 发表于 2024-6-18 19:49
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

感谢巨佬提醒，以后会注意的。

作者
Author: Panzer1126 时间: 2024-6-18 21:42

Dempey 发表于 2024-6-18 19:24
你是不是在gmx rms的命令里没-n index.ndx?

感谢解答，问题就是在这。谢谢

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-17 18:57
你好，请问你是要计算复合物的RMSD值吗？请问你在最小二乘和RMSD计算选择的组别分别是多少呢？

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