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标题: 用MS构建高分子聚合物周期性体系如何用于Groamcs模拟 [打印本页]

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-6-19 15:49
标题: 用MS构建高分子聚合物周期性体系如何用于Groamcs模拟
各位老师前辈，我最近需要做一个PET（聚对苯二甲酸乙二醇酯）晶面与蛋白质界面的分子动力学模拟。成功按照网上教程在MS中构建出来了PET的晶面结构，目前遇到的问题是导出为PDB格式，整体的键连关系显得就会很混乱，在帖子中看有人用在VMD中用Dynamic Bond，发现没有周期性键连关系，没法像Sobtop老师在Sobtop教程中例子那样有两端连接的键。
在网上看到有前辈说导成为cif格式在在Gaussview中转换成mol2文件，用Gaussview打开后氢原子与其他原子如苯环碳没有键连关系，并且苯环的键连关系错误，出现三键和双键。手动更改耗时很长，总改不全。
请问一下我该怎么改才能将这个结构应用到Gromacs运行呢，Sobtop老师开发的sobtop软件的一些例子我也在看，想着先构建出mol2文件，使用PDB文件重新定义各个类型的原子还没太搞明白哪个原子和哪个原子相对应。
这个结构整了好几天还没整明白，请求各位老师前辈帮助，希望各位老师前辈能帮我理清一下基本的应用思路，谢谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-19 22:19
sobtop通常是对单个分子建立拓扑文件，而不是对整个盒子里所有分子一起创建拓扑文件。先把单个完整的链弄出来在sobtop里创建对应的[moleculetype]和相关信息，模拟整个体系时直接在[molecules]里指定聚合物链的分子数就完了（注意这要求体系里所有聚合物分子里原子顺序都是相同的，而且不同分子里原子的出现不能互相交错）

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-6-20 09:05

sobereva 发表于 2024-6-19 22:19
sobtop通常是对单个分子建立拓扑文件，而不是对整个盒子里所有分子一起创建拓扑文件。先把单个完整的链弄出 ...

老师，一个链的构建是对自己构建的晶面体系转换成PDB格式然后只取一条链并在PDB文件中加入晶胞信息，在像Sobtop教程里PDB文件生成相应的gro和top文件那样做吗，因为我是根据晶胞做的晶面，不同层间链的原子顺序还是有差别的，如果只是按照取一条链来计算，能反应实际的结构吗。
还有一个困扰我的问题是我MS生成的PDB格式键连关系有些乱，其实我有些搞不清在VMD或者Gauss打开后这种混乱的键连关系对我后续做模拟有影响吗，因为我发现不同软件打开后，键连关系都不太一样，可能是判断标准不一样，有人说可以调整判断的标准，但是在这个软件中调完，在其他软件中会适用吗，还是根据调整后的键连关系直接用于Gromacs模拟。这些混乱连键的关系如果有影响我是需要一个个在Gauss中作校正吗，然后在生成单链的top、itp等文件吗。
后续生成聚合物体系是需要用Packmol构建吗，对链加以限制，使其能形成片层结构，我到时候在研究一下怎么加限制才能实现这个建模。
老师我还有一个问题是我自己画的PET三聚体结构，做了能量优化后计算RESP电荷，我发现我自己画的这个结构的原子顺序和用MS构建的晶面结构各个单元的原子顺序完全不一样，我如果只做单链的话可能会好替换一些直接进行手动替换。之前对片层结构的替换说实话很难对应上各个原子电荷。
老师，我问的问题可能相当无知，之前做蛋白配体复合物模拟也是跟着教程做的我对很多基础性的东西确实不太了解，真的麻烦老师您了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-21 06:03

雨中宇发表于 2024-6-20 09:05
老师，一个链的构建是对自己构建的晶面体系转换成PDB格式然后只取一条链并在PDB文件中加入晶胞信息，在像 ...

一条链就是一个分子，没晶胞信息的事

每个分子里原子顺序不同就必须想办法调整成相同

没有叫Gauss的程序，Gaussian还是GaussView分清楚

packmol没法产生晶体或晶体表面结构。无序的凝聚相结构可以

作者
Author: sctorDan 时间: 2025-7-25 10:49
请问您后面怎么解决的啊？

作者
Author: 牧生 时间: 2025-7-25 11:49
本帖最后由牧生于 2025-7-25 11:53 编辑

最简单，对电荷要求不高的方法：

MS画出的聚合物结构式，加氢饱和后，先简单优化一下，保存。用gv打开，分子链的首尾端各去掉一个氢原子，然后把首尾段那两个碳原子用形式化学键连接起来，存为mol2格式。

用sobtop得到拓扑文件，电荷就直接调用open babel来得到MMFF94电荷。

加上periodic-molecules = yes

作者
Author: sctorDan 时间: 2025-7-25 12:56

牧生发表于 2025-7-25 11:49
最简单，对电荷要求不高的方法：

MS画出的聚合物结构式，加氢饱和后，先简单优化一下，保存。用gv打开， ...

请问可以用PET晶体的cif文件在MS构建PET晶区的结构，然后用gromacs做分子动力学模拟吗？还有别的构建PET表面的方法吗？

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