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标题: 怎么使用packmol把分子插入指定的位置 [打印本页]

作者
Author: zhangs 时间: 2024-6-19 16:02
标题: 怎么使用packmol把分子插入指定的位置
请教一下各位老师，如下图，我应该怎么使用packmol把水分子插入图中红线标注那一层，并使之填满，其余的地方皆没有水分子
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作者
Author: dayu8278 时间: 2024-6-19 22:02
用vmd就可以。

我昨天发的帖子还问这个问题呢。

http://bbs.keinsci.com/thread-46467-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-19 22:16
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

作者
Author: zhangs 时间: 2024-6-20 09:33

dayu8278 发表于 2024-6-19 22:02
用vmd就可以。

我昨天发的帖子还问这个问题呢。

您好，我看您的帖子是去除，而我的是加入水分子

作者
Author: dayu8278 时间: 2024-6-20 09:56

zhangs 发表于 2024-6-20 09:33
您好，我看您的帖子是去除，而我的是加入水分子

不是一回事么，你先用gmx solvate加水，然后去掉多余的水分子不就可以了？

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