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标题: 在根据力场文件修改原子名为CD2后，系统又提示找不到CD2？ [打印本页]

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-6-19 21:28
标题: 在根据力场文件修改原子名为CD2后，系统又提示找不到CD2？
本帖最后由 Willow0114 于 2024-6-19 21:30 编辑

我从库中下载了一个PDB文件，用pdb2gmx时，系统提示我"残基的原子名称与力场中rtp文件定义的原子不匹配"（力场是amber99sb-ildn，是针对残基HYP中的CD原子），我根据力场中的命名将pdb文件中的CD改为CD2。接着运行之后，又出现了错误："在输入文件中找不到该条目中使用的原子 CD2"。我应该怎么修改呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-19 22:02
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt。并且注意改pdb文件的时候必须满足格式要求，第几列到第几列对应原子名必须搞清楚，强烈建议在文本编辑器里用等宽字体。

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作者
Author: Willow0114 时间: 2024-6-19 22:14

sobereva 发表于 2024-6-19 22:02
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt。并 ...

可是sob老师，我已经按照力场里的名称将CD改为CD2，还是提示找不到，是因为格式的问题吗（比如说中间少了一个空格之类的）？

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